Функции в Матричных API MATLAB работают с mxArray, фундаментальный тип, лежащий в основе данных MATLAB. Использовать mxArray в программе Фортрана используйте mwPointer макрос препроцессора, который объявляет соответствующий тип Фортрана, представляющий указатель.
Для примера с помощью Матричного API Фортрана смотрите, Создают Исходный файл MEX Фортрана.