Класс: geneont
Вектор-столбец только для чтения с указателями, чтобы назвать объекты объекта geneont
terms является свойством только для чтения geneont класса. terms является вектор-столбцом с указателями на термин объекты объекта geneont.
Несмотря на то, что terms является вектор-столбцом с указателями, чтобы назвать объекты в Командном окне MATLAB®, он отображается, когда массив структур, с одной структурой для каждого ИДУТ термин в объекте geneont.
Используйте информацию в этой структуре для доступа (ИДУТ ID), условия объекта geneont и просмотреть свойства отдельных условий.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27786 Terms.
Используйте свойство terms отобразить массив структур MATLAB, содержащий 27 786 объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.
GeneontObj.terms
27786x1 struct array with fields:
id
name
ontology
definition
comment
synonym
is_a
part_of
obsolete
Несмотря на то, что свойство terms является массивом указателей, чтобы назвать объекты в Окне Команды MATLAB, оно отображается, когда массив структур, с одной структурой для каждого ИДУТ термин в объекте geneont.
Используйте свойство terms просмотреть свойства термина объект в 14,723-м положении в объекте geneont.
GeneontObj.terms(14723)
id: 31655
name: 'negative regulation of heat dissipation'
ontology: 'biological process'
definition: [1x113 char]
comment: ''
synonym: {4x2 cell}
is_a: [3x1 double]
part_of: 31653
obsolete: 0Создайте массив ячеек из символьных векторов, которые перечисляют свойство ontology для каждого термина в объекте geneont.
ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');
Создайте логическую маску, которая идентифицирует все условия со свойством ontology cellular component.
mask = strcmp(ontologies,'cellular component');
Примените логическую маску ко всем условиям в GeneontObj geneont объект возвратить массив структур MATLAB объектов термина, содержание только называет со свойством ontology cellular component.
cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask)
2362x1 struct array with fields:
id
name
ontology
definition
comment
synonym
is_a
part_of
obsoleteСуществует 2 362 условия со свойством ontology cellular component.
Создайте подонтологию всех сотовых условий компонента путем индексации в GeneontObj geneont объекта с объектами термина маскированными.
subontology = GeneontObj(cell_comp_terms) Gene Ontology object with 2367 Terms.