Exponenta Banner

свойство условий

Класс: geneont

Вектор-столбец только для чтения с указателями, чтобы назвать объекты объекта geneont

Описание

terms является свойством только для чтения geneont класса. terms является вектор-столбцом с указателями на термин объекты объекта geneont.

Примечание

Несмотря на то, что terms является вектор-столбцом с указателями, чтобы назвать объекты в Командном окне MATLAB®, он отображается, когда массив структур, с одной структурой для каждого ИДУТ термин в объекте geneont.

Значения

Используйте информацию в этой структуре для доступа (ИДУТ ID), условия объекта geneont и просмотреть свойства отдельных условий.

Примеры

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27786 Terms.

  2. Используйте свойство terms отобразить массив структур MATLAB, содержащий 27 786 объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    GeneontObj.terms

27786x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Примечание

    Несмотря на то, что свойство terms является массивом указателей, чтобы назвать объекты в Окне Команды MATLAB, оно отображается, когда массив структур, с одной структурой для каждого ИДУТ термин в объекте geneont.

  3. Используйте свойство terms просмотреть свойства термина объект в 14,723-м положении в объекте geneont.

    GeneontObj.terms(14723)

            id: 31655
          name: 'negative regulation of heat dissipation'
      ontology: 'biological process'
    definition: [1x113 char]
       comment: ''
       synonym: {4x2 cell}
          is_a: [3x1 double]
       part_of: 31653
      obsolete: 0

  4. Создайте массив ячеек из символьных векторов, которые перечисляют свойство ontology для каждого термина в объекте geneont.

    ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');

  5. Создайте логическую маску, которая идентифицирует все условия со свойством ontology cellular component.

    mask = strcmp(ontologies,'cellular component');

  6. Примените логическую маску ко всем условиям в GeneontObj geneont объект возвратить массив структур MATLAB объектов термина, содержание только называет со свойством ontology cellular component.

    cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask)
2362x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Существует 2 362 условия со свойством ontology cellular component.

  7. Создайте подонтологию всех сотовых условий компонента путем индексации в GeneontObj geneont объекта с объектами термина маскированными.

    subontology = GeneontObj(cell_comp_terms)

Gene Ontology object with 2367 Terms.

Смотрите также

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка