Установите битное смещение первого значимого бита
H5T.set_offset(type_id,offset)
H5T.set_offset(type_id,offset) устанавливает битное смещение первого значимого бита. type_id является идентификатором типа данных. offset задает количество битов дополнения, которые появляются.
type_id = H5T.copy('H5T_NATIVE_INT');
H5T.set_offset(type_id,16);