exponenta event banner

getstoichmatrix (модель)

Получите матрицу стехиометрии от объекта модели

Синтаксис

M = getstoichmatrix(modelObj)
[M,objSpecies] = getstoichmatrix(modelObj)
[M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(modelObj)

Аргументы

MМатрица стехиометрии для modelObj.
modelObjЗадайте model object.
objSpeciesВозвратите список разновидностей modelObj свойством Name разновидностей.

Если разновидности находятся в нескольких отсеках, имена разновидностей квалифицированы с именем отсека в форме compartmentName.speciesName. Например, nucleus.DNA, cytoplasm.mRNA.

objReactionsВозвратите список реакций modelObj свойством Name реакций.

Описание

getstoichmatrix возвращает матрицу стехиометрии для объекта модели.

M = getstoichmatrix(modelObj) возвращает матрицу стехиометрии для объекта модели SimBiology® (modelObj) к M.

Матрица стехиометрии задана путем листинга всех реакций, содержавших в modelObj по столбцам и всех разновидностей, содержавших в modelObj, построчном в матрице. Разновидности реакции представлены в матрице со стехиометрическим значением в местоположении [строка разновидностей, столбец реакции]. Реагенты имеют отрицательные величины. Продукты имеют положительные значения. Все другие местоположения в матрице 0.

Например, если modelObj является объектом модели с двумя реакциями с именами R1 и R2 и значения Реакции 2 A + B -> 3 C и B + 3 D -> 4 A, матрица стехиометрии была бы задана как:

      R1   R2
A     -2    4
B     -1   -1
C      3    0
D      0   -3

[M,objSpecies] = getstoichmatrix(modelObj) возвращает матрицу стехиометрии в M и разновидности к objSpecies. objSpecies задан путем листинга всех значений свойств Name разновидностей, содержавших в Obj. В вышеупомянутом примере objSpecies был бы {'A', 'B', 'C', 'D'};.

[M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(modelObj) возвращает матрицу стехиометрии в M и реакции на objReactions. objReactions задан путем листинга всех значений свойств Name реакций, содержавших в modelObj. В вышеупомянутом примере objReactions был бы {'R1', 'R2'}.

Примеры

  1. Читайте в m1, объекте модели, с помощью sbmlimport:

    m1 = sbmlimport('lotka.xml');
  2. Получите матрицу стехиометрии для m1:

    [M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(m1)

Представленный в R2006a