Этот пример показывает, как создать и моделировать простую модель кинетики лиганда приемника с помощью Рабочего стола SimBiology.
В этой модели лиганд L и разновидности R приемника формируют комплексы лиганда приемника посредством обратимых обязательных реакций. Используя кинетику действующих масс, кинетическое уравнение скорости для скорости изменения в концентрации комплекса лиганда приемника может быть задано как , где kon и koff вперед и инвертируют константы скорости, L, R, и C является концентрациями лиганда, приемника и комплекса лиганда приемника соответственно. Цель этой симуляции состоит в том, чтобы найти концентрации всех трех разновидностей (L, R и C) как прогресс реакции данный начальные суммы разновидностей и констант скорости.
Откройте рабочий стол SimBiology® путем ввода simbiology в Командном окне MATLAB® или нажатия на SimBiology на вкладке Apps.
На вкладке Home выберите Add Model> Create New Blank Model. Назовите модель как m1, когда запрошено.
Выберите Open> Diagram, чтобы открыть представление схемы.
Переименуйте отсек к cell путем двойного клика по тексту unnamed.
Перетащите мышью три блока разновидностей
и один блок реакции
в отсеке cell.
Переименуйте разновидности к L, R и C можно следующим образом.
Чтобы соединить блок разновидностей лиганда с блоком реакции, нажмите и удержите клавишу Ctrl (Windows® и Linux®) или ключ Option (Macintosh®), кликните по блоку разновидностей L и перетащите строку к reaction_1. Так же соедините R с reaction_1 и reaction_1 к C.
Обновите свойства reaction_1 установить реакцию как обратимую реакцию, выбрать массовую акцию как кинетический закон и задать прямые и противоположные параметры уровня:
Дважды кликните блок reaction_1, чтобы открыть диалоговое окно Reaction Properties.
На вкладке Settings выберите Reversible.
От KineticLaw выпадающий список выберите MassAction.
Под Quantities Used by Reaction введите kon как имя и 2.0E6 как значение для Forward Rate Parameter, и koff и 1E-4 для Reverse Rate Parameter.
Обновите начальные суммы разновидностей реагента путем ввода 5E-9 и 1E-8 как значения разновидностей R и L соответственно. Нажмите Close.
На вкладке Model выберите Add Task> Simulate model. Это открывает новое окно под названием Task Editor, где можно отредактировать и запустить задачу. Учитывая предыдущие начальные суммы и параметры уровня, реакция достигает влажного состояния после 300 секунд. Поэтому установите время остановки симуляции на 300 секунд вместо 10 секунд, которое является временем остановки по умолчанию. Для этого расширьте раздел Task Stop Time, выберите Use a Stop Time specific to this task only и войдите 300.
Чтобы моделировать модель, нажмите кнопку Run.
Если симуляция закончена, раздел Live Plots показывает Штаты по сравнению с Графиком временной зависимости для каждой разновидности.
