Документация

Набор данных кода Морзе Роткопфа

Чтобы продемонстрировать MDS, мы будем использовать данные, собранные в эксперименте, чтобы исследовать восприятие Кода Морзе (Rothkopf, E.Z., J.Exper. Возбудить., 53 (2):94-101). Предметы в исследовании слушали два сигнала Кода Морзе (слышимые последовательности одной или нескольких "точек" и "тире", представляя эти 36 алфавитно-цифровых символов) проигрываемый по очереди, и были спрошены, были ли сигналы тем же самым или отличающийся. Предметы не знали Код Морзе. Несходство между двумя различными символами является частотой, с которой правильно отличили те символы.

36x36 матрица несходств хранится как вектор с 630 элементами, содержащий поддиагональные элементы матрицы. Можно использовать функциональный squareform, чтобы преобразовать между векторным форматом и полной матричной формой. Вот первые 5 букв и их несходства, восстановленные в матричной форме.

load morse
morseChars(1:5,:)
dissMatrix = squareform(dissimilarities);
dissMatrix(1:5,1:5)

ans =

  5x2 cell array

    {'A'}    {'.-'  }
    {'B'}    {'-...'}
    {'C'}    {'-.-.'}
    {'D'}    {'-..' }
    {'E'}    {'.'   }


ans =

     0   167   169   159   180
   167     0    96    79   163
   169    96     0   141   166
   159    79   141     0   172
   180   163   166   172     0

В этих данных большие значения указывают, что более участники эксперимента смогли отличить два сигнала, и таким образом, сигналы более отличались.

Метрическое масштабирование

Метрический MDS создает настройку точек, таким образом, что их разделять расстояния знаками препинания аппроксимируют исходные несходства. Одна мера качества подгонки того приближения известна как "напряжение", и это - то, что мы будем использовать первоначально. Чтобы вычислить настройку, мы предоставляем функции mdscale данные о несходстве, количество размерностей, в которых мы хотим создать точки (два), и имя критерия качества подгонки, который мы используем.

Y1 = mdscale(dissimilarities, 2, 'criterion','metricstress');
size(Y1)

ans =

    36     2

mdscale возвращает набор точек в, для этого примера, двух размерностей. Мы могли построить их, но перед использованием этого решения (т.е. настройка), чтобы визуализировать данные, мы сделаем некоторые графики помочь проверять, воссоздают ли разделять знаками препинания расстояния от этого решения исходные несходства.

График Шепарда

График Шепарда является scatterplot разделять знаками препинания расстояний (существуют n (n-1)/2 их) по сравнению с исходными несходствами. Это может помочь определить качество подгонки решения для MDS. Если подгонка плоха, то визуализация могла вводить в заблуждение, потому что большие (маленькие) расстояния между точками не могут соответствовать большим (маленьким) несходствам в данных. В графике Шепарда узком рассеянии вокруг 1:1 строка указывает на хорошую подгонку расстояний до несходств, в то время как большое рассеяние или нелинейный шаблон указывают на отсутствие подгонки.

distances1 = pdist(Y1);
plot(dissimilarities,distances1,'bo', [0 200],[0 200],'k--');
xlabel('Dissimilarities')
ylabel('Distances')

Этот график показывает, что это метрическое решение в двух измерениях является, вероятно, не соответствующим, потому что это показывает и нелинейный шаблон и большое рассеяние. Первый подразумевает, что многие самые большие несходства имели бы тенденцию быть несколько преувеличенными в визуализации, в то время как умеренные и маленькие несходства будут иметь тенденцию быть преуменьшенными. Последний подразумевает, что расстояние в визуализации обычно было бы плохим отражением несходства. В частности, хорошая часть больших несходств была бы плохо преуменьшена.

Сравнение метрических критериев

Мы могли попытаться использовать третью размерность, чтобы улучшить точность визуализации, потому что с большим количеством степеней свободы, подгонка должна улучшиться. Мы можем также попробовать различный критерий. Два других популярных метрических критерия известны как Отображение Sammon и напряжение в квадрате ("sstress"). Каждый приводит к различному решению, и один или другая сила быть более полезным в визуализации исходных несходств.

Y2 = mdscale(dissimilarities,2, 'criterion','sammon');
distances2 = pdist(Y2);
Y3 = mdscale(dissimilarities,2, 'criterion','metricsstress');
distances3 = pdist(Y3);

График Шепарда показывает различия в этих трех решениях до сих пор.

plot(dissimilarities,distances1,'bo', ...
     dissimilarities,distances2,'r+', ...
     dissimilarities,distances3,'g^', ...
     [0 200],[0 200],'k--');
xlabel('Dissimilarities')
ylabel('Distances')
legend({'Stress', 'Sammon Mapping', 'Squared Stress'}, 'Location','NorthWest');

Заметьте, что в самых больших значениях несходства, рассеяние для критерия напряжения в квадрате имеет тенденцию быть ближе к 1:1 строка, чем для других двух критериев. Таким образом, для этих данных, напряжение в квадрате несколько лучше в сохранении самых больших несходств, несмотря на то, что это плохо преуменьшает некоторых из тех. В меньших значениях несходства рассеянии для Sammon Отображение критерия имеет тенденцию быть несколько ближе к 1:1 строка, чем для других двух критериев. Таким образом Отображение Sammon немного лучше в сохранении маленьких несходств. Напряжение является где-нибудь промежуточным. Все три критерия показывают определенное количество нелинейности, указывая, что метрическое масштабирование не может подойти. Однако выбор критерия зависит от цели визуализации.

Неметрическое масштабирование

Неметрическое масштабирование является второй формой MDS, который имеет немного менее амбициозную цель, чем метрическое масштабирование. Вместо того, чтобы пытаться создать настройку точек, для которых попарные расстояния аппроксимируют исходные несходства, неметрический MDS пытается только аппроксимировать ранги несходств. Другой способ сказать это состоит в том, что неметрический MDS создает настройку точек, чьи разделяют знаками препинания расстояния, аппроксимированные монотонное преобразование исходных несходств.

Практическое применение такой конструкции является настолько большим, разделяют расстояния знаками препинания, соответствуют большим несходствам, и маленький разделяют расстояния знаками препинания до маленьких несходств. Это часто достаточно, чтобы передать отношения среди элементов или изучаемых категорий.

Во-первых, мы создадим настройку точек в 2D. Неметрика, масштабирующаяся с неметрическим критерием напряжения Краскэла, является значением по умолчанию для mdscale.

[Y,stress,disparities] = mdscale(dissimilarities,2);
stress

stress =

    0.1800

Второй вывод mdscale является значением используемого критерия как мера того, как хорошо решение воссоздает несходства. Меньшие значения указывают на лучшую подгонку. Напряжение для этой настройки, приблизительно 18%, рассматривается плохим к ярмарке для неметрического критерия напряжения. Области значений приемлемых значений критерия отличаются для различных критериев.

Третий вывод mdscale является вектором того, что известно как несоизмеримости. Это просто монотонное преобразование несходств. Они будут использоваться в неметрике, масштабирующей график Шепарда ниже.

Визуализация данных о несходстве

Несмотря на то, что эта подгонка не так хороша, как мы хотели бы, 2D представление является самым легким визуализировать. Мы можем построить точки каждого сигнала и тире, чтобы помочь видеть, почему предметы чувствуют различия среди символов. Ориентация и шкала этой настройки абсолютно произвольны, таким образом, никакие подписи по осям или значения не показали.

plot(Y(:,1),Y(:,2),'.', 'Marker','none');
text(Y(:,1),Y(:,2),char(morseChars(:,2)), 'Color','b', ...
    'FontSize',12,'FontWeight','bold', 'HorizontalAlignment','center');
h_gca = gca;
h_gca.XTickLabel = [];
h_gca.YTickLabel = [];
title('Nonmetric MDS solution for Rothkopf''s Morse code data');

Эта реконструкция указывает, что символы могут быть описаны с точки зрения двух осей: примерно говоря, северо-западное/юго-восточное направление отличает длину сигнала, в то время как юго-западное/северо-восточное направление отличает точки от тире. Эти два символа с самыми короткими сигналами, 'E' и 'T', несколько вне положения в той интерпретации.

Неметрика график Шепарда

В неметрическом масштабировании это обычно, чтобы показать несоизмеримости, а также расстояния в графике Шепарда. Это обеспечивает проверку о том, как хорошо расстояния воссоздают несоизмеримости, а также насколько нелинейный монотонное преобразование от несходств до несоизмеримостей.

distances = pdist(Y);
[dum,ord] = sortrows([disparities(:) dissimilarities(:)]);
plot(dissimilarities,distances,'bo', ...
     dissimilarities(ord),disparities(ord),'r.-');
xlabel('Dissimilarities')
ylabel('Distances/Disparities')
legend({'Distances' 'Disparities'}, 'Location','NorthWest');

Этот график показывает, как расстояния в неметрике, масштабирующейся аппроксимированный, несоизмеримости (рассеяние синих кругов о красной линии) и несоизмеримости отражают ранги несходств (красная линия нелинейна, но увеличивается). Сравнение этого графика к графику Шепарда от метрического масштабирования показывает различие в этих двух методах. Неметрическое масштабирование пытается воссоздать не исходные несходства, а скорее нелинейное преобразование их (несоизмеримости).

В выполнении этого неметрическое масштабирование сделало компромисс: неметрические расстояния воссоздают несоизмеримости лучше, чем метрические расстояния воссоздали несходства - рассеяние в этом графике меньше это в метрическом графике. Однако несоизмеримости довольно нелинейны как функция несходств. Таким образом, в то время как мы можем быть более уверены, что с неметрическим решением, маленькие расстояния в визуализации соответствуют маленьким несходствам в данных, важно помнить, что абсолютные расстояния между точками в той визуализации не должны быть взяты слишком буквально - только относительные расстояния.

Неметрика, масштабирующаяся в 3D

Поскольку напряжение в 2D конструкции было несколько высоко, мы можем попробовать 3D настройку.

[Y,stress,disparities] = mdscale(dissimilarities,3);
stress

stress =

    0.1189

Это значение напряжений вполне немного ниже, указывая на лучшую подгонку. Мы можем построить настройку в 3 размерностях. Живая фигура MATLAB® может вращаться в интерактивном режиме; здесь мы согласимся на взгляд от двух различных углов.

plot3(Y(:,1),Y(:,2),Y(:,3),'.', 'Marker','none');
text(Y(:,1),Y(:,2),Y(:,3),char(morseChars(:,2)), 'Color','b', ...
    'FontSize',12,'FontWeight','bold', 'HorizontalAlignment','center');
set(gca,'XTickLabel',[], 'YTickLabel',[], 'ZTickLabel',[]);
title('Nonmetric MDS solution for Rothkopf''s Morse code data');
view(59,18);
grid on

От этого угла мы видим, что символы с одним - и сигналы 2D символа хорошо разделяются от символов с более длинными сигналами, и друг от друга, потому что их является самым легким отличить. Если мы вращаем представление к другой точке зрения, мы видим, что более долгие символы могут, как в 2D настройке, примерно быть описанными с точки зрения количества символов и количества точек или тире. (От этого второго угла некоторые более короткие символы побочно, кажется, вкраплены более длинными единицами.)

view(-9,8);

Эта 3D настройка восстанавливает расстояния более точно, чем 2D настройка, однако, сообщение является по существу тем же самым: предметы чувствуют сигналы, в основном, с точки зрения того, сколько символов они содержат, и сколько точек по сравнению с тире. На практике 2D настройка может быть совершенно приемлемой.