Exponenta Banner
exponenta event banner

Bioinformatics Toolbox — Examples

Начало работы с Bioinformatics Toolbox

Сравнение целых геномов

Сравнение целых геномов

Сравните целые геномы для организмов, который позволяет вам сравнивать организмы в совсем другом разрешении относительно одного генных сравнений. Вместо того, чтобы только фокусироваться на различиях между гомологичными генами можно получить сведения о крупномасштабных функциях геномной эволюции.

Open Script
Работа с целыми данными о геноме

Работа с целыми данными о геноме

Создайте файл с отображенной памятью для данных о последовательности и работайте с ними, не загружая всю геномную последовательность в память. Целые геномы доступны человеку, мыши, крысе, fugu, и нескольким другим организмам модели. Для многих из этих организмов одна хромосома может составить несколько сотен миллионов пар оснований долго. Работа с такими большими наборами данных может быть сложной, когда можно столкнуться с ограничениями аппаратного и программного обеспечения, которое вы используете. Этот пример показывает один способ работать вокруг этих ограничений в MATLAB®.

Open Script
Идентификация дифференцированно выраженных генов из данных RNA-Seq

Идентификация дифференцированно выраженных генов из данных RNA-Seq

Протестируйте данные RNA-Seq на дифференцированно выраженные гены с помощью отрицательной биномиальной модели.

Open Script

Высокопроизводительное секвенирование

Идентификация дифференцированно выраженных генов из данных RNA-Seq

Идентификация дифференцированно выраженных генов из данных RNA-Seq

Протестируйте данные RNA-Seq на дифференцированно выраженные гены с помощью отрицательной биномиальной модели.

Open Script
Исследование связывающих участков DNA белка из данных ЧИПА-Seq Парного Конца

Исследование связывающих участков DNA белка из данных ЧИПА-Seq Парного Конца

Выполните анализ всего генома транскрипционного фактора в организме модели Arabidopsis Thaliana (Thale Cress).

Open Script
Исследование различий всего генома в профилях метилирования DNA

Исследование различий всего генома в профилях метилирования DNA

Выполните анализ всего генома метилирования DNA в человеке при помощи секвенирования генома.

Open Script
Считайте функции от чтений NGS

Считайте функции от чтений NGS

Выровняйте чтения парного конца к целому геному человека и обобщите чтения.

Open Script

Анализ микромассивов

Визуализация микроданных массива

Визуализация микроданных массива

Различные способы исследовать и визуализировать необработанные микроданные массива. Пример использует микроданные массива от исследования экспрессии гена в мозгах мыши [1].

Open Script
Анализ профиля экспрессии гена

Анализ профиля экспрессии гена

Много способов искать шаблоны в профилях экспрессии гена.

Open Script
Исследование данных об экспрессии гена микромассивов

Исследование данных об экспрессии гена микромассивов

Идентифицируйте дифференцированно выраженные гены от микроданных массива, и использует Генную Онтологию, чтобы определить значительные биологические функции, которые сопоставлены к вниз - и отрегулированные гены.

Open Script
Работа с объектами для данных об эксперименте микромассивов

Работа с объектами для данных об эксперименте микромассивов

Создайте и управляйте контейнерами MATLAB®, спроектированными для того, чтобы хранить данные из эксперимента микромассивов.

Open Script

Анализ выражения

Анализ Illumina® Bead Summary Gene Expression Data

Анализ Illumina® Bead Summary Gene Expression Data

Анализируйте сводные данные Illumina BeadChip экспрессии гена с помощью функций Bioinformatics Toolbox™ и MATLAB®.

Open Script
Анализ основанных на массиве данных CGH Используя байесового скрытого Маркова, моделирующего

Анализ основанных на массиве данных CGH Используя байесового скрытого Маркова, моделирующего

Используйте Байесов метод скрытой модели Маркова (HMM), чтобы идентифицировать изменение номера копии в основанных на массиве данных о сравнительной геномной гибридизации (CGH).

Open Script
Идентификация биомолекулярных подгрупп Используя метагены аттрактора

Идентификация биомолекулярных подгрупп Используя метагены аттрактора

Используйте метафункции функции MATLAB(TM), чтобы исследовать биомолекулярные фенотипы при раке молочной железы.

Open Live Script
Работа с функцией кластерграммы

Работа с функцией кластерграммы

Работа с функцией кластерграммы.

Open Script

Анализ последовательности

Выравнивание пар последовательностей

Выравнивание пар последовательностей

Извлеките некоторые последовательности из GenBank®, найдите открытые рамки считывания (ORFs), и затем выровняйте последовательности с помощью глобальных и локальных алгоритмов выравнивания.

Open Live Script
Используя HMMs для анализа профиля семейства белков

Используя HMMs для анализа профиля семейства белков

Как профили HMM используются, чтобы охарактеризовать семейства белков. Анализ профиля является ключевым инструментом в биоинформатике. Общие попарные методы сравнения обычно не чувствительны и достаточно специфичны для анализа отдаленно связанных последовательностей. В отличие от этого профили Скрытой модели Маркова (HMM) обеспечивают лучшую альтернативу, чтобы связать последовательность запроса со статистическим описанием семейства последовательностей. Профили HMM используют специфичную для положения систему выигрыша, чтобы получить информацию о степени сохранения в различных положениях в нескольких выравнивание этих последовательностей. Анализ профиля HMM может использоваться в нескольких, упорядочивают выравнивание, в поиске в базе данных, чтобы анализировать сегментацию состава и шаблона последовательности, и предсказать структуру белка и определить местоположение генов путем предсказания открытых рамок считывания.

Open Script
Вычисление и визуализация статистики последовательности

Вычисление и визуализация статистики последовательности

Основные методы манипуляции с последовательностями и вычисляют некоторую полезную статистику последовательности. Это также иллюстрирует, как искать кодирование областей (таких как белки) и преследовать последующий анализ их.

Open Script
Оценка значения выравнивания

Оценка значения выравнивания

Метод, который может использоваться, чтобы исследовать значение выравниваний последовательности. Количество тождеств или положительных сторон в выравнивании не является индикатором clear значительного выравнивания. Сочетание последовательности от выравнивания будет иметь подобные проценты положительных сторон и тождеств, когда выровнено против исходной последовательности. Счет от выравнивания является лучшим индикатором значения выравнивания. Этот пример использует те же связанные с болезнью Тея-Сакса гены и белки, анализируемые в Выравнивающихся Парах Последовательностей.

Open Script

Анализ последовательности нуклеотида

Анализ синонимичных и несинонимичных уровней замены

Анализ синонимичных и несинонимичных уровней замены

Как анализ синонимичных и несинонимичных мутаций на уровне нуклеотида может предложить шаблоны молекулярной адаптации в геноме HIV-1. Этот пример основан на обсуждении естественного отбора на молекулярном уровне, представленном в Главе 6 "Введения в Вычислительную Геномику. Подход Тематических исследований" [1].

Open Script
Исследование проекта краткой информации

Исследование проекта краткой информации

Используйте Bioinformatics Toolbox™, чтобы найти потенциальные капсюли, которые могут использоваться в автоматизированном секвенировании DNA.

Open Script
Идентификация превалирующих регулирующих мотивов

Идентификация превалирующих регулирующих мотивов

Иллюстрирует простой подход к поиску потенциальных регулирующих мотивов в наборе коэкспрессированных геномных последовательностей путем идентификации значительно превалирующих несодержащих разрывы слов фиксированной длины. Обсуждение основано на тематическом исследовании, представленном в Главе 10 "Введения в Вычислительную Геномику. Подход Тематических исследований" [1].

Open Script

Белок и анализ последовательности аминокислот

Исследование вируса птичьего гриппа

Исследование вируса птичьего гриппа

Вычислите отношения Ka/Ks для восьми генов в H5N1 и вирусных геномах H2N3, и выполните филогенетический анализ гена HA от вируса H5N1, изолированного от цыплят через Африку и Азию. Для филогенетического анализа вы восстановите соединяющее соседа дерево и создадите 3-D график расстояний последовательности с помощью многомерного масштабирования. Наконец, вы сопоставите географические точки, где каждая последовательность HA была найдена на региональной карте. Последовательности, используемые в этом примере, были выбраны из тематического исследования птичьего гриппа на Вычислительном Веб-сайте Геномики [1]. Примечание: итоговый раздел в этом примере требует Mapping Toolbox™.

Open Script
Вызывание функций биоperl от MATLAB®

Вызывание функций биоperl от MATLAB®

Функциональная совместимость между MATLAB® и Биоperl - передающие аргументы от MATLAB до скриптов Perl и отступающего BLAST ищет данные на MATLAB.

Open Script

Филогенетический анализ

Создание Phylogenetic Tree для разновидностей Hominidae

Создание Phylogenetic Tree для разновидностей Hominidae

Создайте филогенетические деревья из mtDNA последовательностей для таксонов Hominidae (также известный pongidae). Это семейство охватывает горилл, шимпанзе, орангутанов и людей.

Open Script
Анализ источника вируса иммунодефицита человека

Анализ источника вируса иммунодефицита человека

Создайте филогенетические деревья из нескольких деформаций HIV и вирусов SIV.

Open Script
Восстановление источника и диффузии эпидемии SARS

Восстановление источника и диффузии эпидемии SARS

Анализ источника и диффузия эпидемии SARS. Это основано на обсуждении вирусной филогении, представленной в Главе 7 "Введения в Вычислительную Геномику. Подход Тематических исследований" [1].

Open Script
Начальная загрузка филогенетических деревьев

Начальная загрузка филогенетических деревьев

Сгенерируйте начальную загрузку, реплицирует последовательностей DNA. Данные, сгенерированные начальной загрузкой, используются, чтобы оценить уверенность ветвей в филогенетическом дереве.

Open Live Script
Анализ человеческого дистального микробиома пищеварительного тракта

Анализ человеческого дистального микробиома пищеварительного тракта

Несколько способов визуализировать результаты функциональных метагеномных исследований. Обсуждение основано на двух исследованиях, фокусирующихся на метагеномном анализе человеческого дистального микробиома пищеварительного тракта.

Open Script
Используя выигрыш матриц, чтобы измерить эволюционное расстояние

Используя выигрыш матриц, чтобы измерить эволюционное расстояние

Обработайте Матрицы Выигрыша с инструментами выравнивания последовательности. Пример использует белки, сопоставленные с ретинобластомой, болезнью, вызванной опухолью, которая разрабатывает из незрелой сетчатки.

Open Live Script

Структурный анализ

Предсказание белка вторичная структура Используя нейронную сеть

Предсказание белка вторичная структура Используя нейронную сеть

Вторичный метод прогноза структуры, который использует нейронную сеть feedforward и функциональность, доступную с Deep Learning Toolbox™.

Open Script
Предсказание и визуализация вторичной структуры последовательностей RNA

Предсказание и визуализация вторичной структуры последовательностей RNA

Иллюстрирует, как использовать rnafold и функции rnaplot, чтобы предсказать и построить вторичную структуру последовательности RNA.

Open Script

Масс-спектрометрия и биоаналитика

Предварительная обработка необработанных данных о масс-спектрометрии

Предварительная обработка необработанных данных о масс-спектрометрии

Улучшите качество необработанных данных о масс-спектрометрии. В частности, этот пример иллюстрирует типичные шаги для предварительной обработки белка улучшенный поверхностью лазер desorption/ionization-time спектров массы рейса (SELDI-TOF).

Open Script
Идентификация значительных функций и классификация профилей белка

Идентификация значительных функций и классификация профилей белка

Классифицируйте данные о масс-спектрометрии, и показывает некоторые статистические инструменты, которые могут использоваться, чтобы искать потенциальные маркеры болезни и протеомную диагностику шаблона.

Open Script
Дифференциальный анализ Комплексных Смесей Белка и Метаболита с помощью Жидкостной хроматографии / Масс-спектрометрия (LC/MS)

Дифференциальный анализ Комплексных Смесей Белка и Метаболита с помощью Жидкостной хроматографии / Масс-спектрометрия (LC/MS)

Как функция SAMPLEALIGN может откорректировать нелинейное деформирование в хроматографической размерности написанных через дефис наборов данных масс-спектрометрии без потребности в полной идентификации демонстрационных составных объектов и/или использовании внутренних стандартов. Путем исправления такого деформирования между парой (или набор) биологически связанных выборок, дифференциальный анализ улучшен и может быть автоматизирован.

Open Script

Предварительная обработка

Визуализация и предварительная обработка написанных через дефис наборов данных масс-спектрометрии для профилирования метаболита и белка/Пептида

Визуализация и предварительная обработка написанных через дефис наборов данных масс-спектрометрии для профилирования метаболита и белка/Пептида

Управляйте, предварительно обработайте и визуализируйте данные из Жидкостной хроматографии вместе с Масс-спектрометрией (LC/MS). Эти большие и высокие размерные наборы данных экстенсивно используются в протеомике и metabolomics исследовании. Визуализация комплексного пептида или смесей метаболита предоставляет интуитивный метод, чтобы оценить демонстрационное качество. Кроме того, методическая коррекция и предварительная обработка могут привести к автоматизированному высокому анализу пропускной способности выборок, позволяющих точную идентификацию значительных метаболитов и определенных функций пептида в биологической выборке.

Open Script
Пакетная обработка данных спектров Используя последовательные и параллельные вычисления

Пакетная обработка данных спектров Используя последовательные и параллельные вычисления

Используйте одиночный компьютер, многоядерный компьютер или кластер компьютеров, чтобы предварительно обработать большой набор сигналов масс-спектрометрии. Примечание: Parallel Computing Toolbox™ и MATLAB® Parallel Server™ требуются для последней части этого примера.

Open Script
Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка