affysnpannotread

Данные массива DNA Рида Аффиметрикса Мэппинга из файла аннотации формата CSV

Синтаксис

AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID)
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID, 'LookUpField', LookUpFieldValue)

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла аннотации Affymetrix® CSV для Отображения 10K набор массивов, Отображение 100K набор массивов или Отображение 500K массив, установлены.

Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в текущей папке.

PID

Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько тестовых идентификаторов набора на Affymetrix, сопоставляющем массив.

LookUpFieldValueВектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одни или несколько заголовков столбцов в файле аннотации CSV Affymetrix. Значением по умолчанию являются поля, показанные в следующей таблице.

Выходные аргументы

AnnotStruct

Структура MATLAB, содержащая информацию для одного или нескольких зондов, устанавливает от File, файл аннотации CSV Affymetrix.

AnnotStruct содержит подмножество полей в File. Поля описаны в приведенной ниже таблице.

Описание

AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID) чтения File, файл аннотации CSV Affymetrix для Отображения 10K набор массивов, Отображение 100K набор массивов или Отображение 500K набор массивов, и возвращает AnnotStruct, структура MATLAB, содержащая информацию об аннотации для одного или нескольких тестовых наборов, задана PID, вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько тестовых идентификаторов набора. AnnotStruct содержит подмножество полей в File. Поля описаны в следующей таблице.

Структура, созданная из файла аннотации CSV Affymetrix

Поле Описание
ProbeSetIDs

Массив ячеек, содержащий уникальные тестовые идентификаторы набора, задан PID входной параметр.

Chromosome

Массив ячеек, содержащий номер хромосомы, на котором расположен каждый тестовый набор.

ChromPosition

Массив ячеек, содержащий SNP геномная позиция по хромосоме для каждого тестового набора.

Cytoband

Массив ячеек, содержащий цитогенетическую область соединения хромосомы, на которой расположен каждый тестовый набор.

Sequence

Массив ячеек, содержащий последовательность каждого тестового набора.

AlleleA

Массив ячеек, содержащий основу, которая является аллелью для каждого тестового набора.

AlleleB

Массив ячеек, содержащий основу, которая является аллелью B для каждого тестового набора.

Accession

Массив ячеек, содержащий инвентарный номер GenBank® для каждого тестового набора.

FragmentLength

Массив ячеек, содержащий длину каждого тестового набора.

AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID, 'LookUpField', LookUpFieldValue) возвращает информацию об аннотации только в поле (столбец), заданный LookUpFieldValue, вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одни или несколько заголовков столбцов в файле аннотации CSV Affymetrix. Значением по умолчанию являются поля, показанные в предыдущей таблице.

Примечание

Можно загрузить файлы аннотации CSV Affymetrix, такие как Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv от:

Примеры

Следующий пример принимает, что у вас есть Mapping50K_Xba240.CDF файл хранится в C:\AffyLibFiles\, и что ваша текущая папка указывает на местоположение, содержащее Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv файл аннотации.

  1. Используйте affyread функция, чтобы создать структуру, содержащую информацию от Mapping50K_Xba240.CDF файл библиотеки.

    cdf = affyread('C:\AffyLibFiles\Mapping50K_Xba240.CDF');
    
  2. Создайте переменную, содержащую массив ячеек имен тестовых наборов, которые хранятся в Name поле ProbeSets поле cdf структура.

    probesetIDs = {cdf.ProbeSets.Name}';
    
  3. Возвратите структуру, содержащую информацию об аннотации для всех тестовых наборов в Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv файл аннотации.

    snpInfo = affysnpannotread('Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv',probesetIDs)
    
    snpInfo = 
    
           ProbeSetIDs: {59024x1 cell}
            Chromosome: [59024x1 int8]
         ChromPosition: [59024x1 double]
              Cytoband: {59024x1 cell}
              Sequence: {59024x1 cell}
               AlleleA: {59024x1 cell}
               AlleleB: {59024x1 cell}
             Accession: {59024x1 cell}
        FragmentLength: [59024x1 double]
    

Смотрите также

|

Представленный в R2008b

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте