Данные массива DNA Рида Аффиметрикса Мэппинга из файла аннотации формата CSV
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID)
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID,
'LookUpField', LookUpFieldValue)
File | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла аннотации Affymetrix® CSV для Отображения 10K набор массивов, Отображение 100K набор массивов или Отображение 500K массив, установлены. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в текущей папке. |
PID | Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько тестовых идентификаторов набора на Affymetrix, сопоставляющем массив. |
LookUpFieldValue | Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одни или несколько заголовков столбцов в файле аннотации CSV Affymetrix. Значением по умолчанию являются поля, показанные в следующей таблице. |
AnnotStruct | Структура MATLAB, содержащая информацию для одного или нескольких зондов, устанавливает от
|
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID)File, файл аннотации CSV Affymetrix для Отображения 10K набор массивов, Отображение 100K набор массивов или Отображение 500K набор массивов, и возвращает AnnotStruct, структура MATLAB, содержащая информацию об аннотации для одного или нескольких тестовых наборов, задана PID, вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько тестовых идентификаторов набора. AnnotStruct содержит подмножество полей в File. Поля описаны в следующей таблице.
Структура, созданная из файла аннотации CSV Affymetrix
| Поле | Описание |
|---|---|
ProbeSetIDs | Массив ячеек, содержащий уникальные тестовые идентификаторы набора, задан |
Chromosome | Массив ячеек, содержащий номер хромосомы, на котором расположен каждый тестовый набор. |
ChromPosition | Массив ячеек, содержащий SNP геномная позиция по хромосоме для каждого тестового набора. |
Cytoband | Массив ячеек, содержащий цитогенетическую область соединения хромосомы, на которой расположен каждый тестовый набор. |
Sequence | Массив ячеек, содержащий последовательность каждого тестового набора. |
AlleleA | Массив ячеек, содержащий основу, которая является аллелью для каждого тестового набора. |
AlleleB | Массив ячеек, содержащий основу, которая является аллелью B для каждого тестового набора. |
Accession | Массив ячеек, содержащий инвентарный номер GenBank® для каждого тестового набора. |
FragmentLength | Массив ячеек, содержащий длину каждого тестового набора. |
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID,
'LookUpField', LookUpFieldValue)LookUpFieldValue, вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одни или несколько заголовков столбцов в файле аннотации CSV Affymetrix. Значением по умолчанию являются поля, показанные в предыдущей таблице.
Можно загрузить файлы аннотации CSV Affymetrix, такие как Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv от:
Следующий пример принимает, что у вас есть Mapping50K_Xba240.CDF файл хранится в C:\AffyLibFiles\, и что ваша текущая папка указывает на местоположение, содержащее Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv файл аннотации.
Используйте affyread функция, чтобы создать структуру, содержащую информацию от Mapping50K_Xba240.CDF файл библиотеки.
cdf = affyread('C:\AffyLibFiles\Mapping50K_Xba240.CDF');
Создайте переменную, содержащую массив ячеек имен тестовых наборов, которые хранятся в Name поле ProbeSets поле cdf структура.
probesetIDs = {cdf.ProbeSets.Name}';
Возвратите структуру, содержащую информацию об аннотации для всех тестовых наборов в Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv файл аннотации.
snpInfo = affysnpannotread('Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv',probesetIDs)
snpInfo =
ProbeSetIDs: {59024x1 cell}
Chromosome: [59024x1 int8]
ChromPosition: [59024x1 double]
Cytoband: {59024x1 cell}
Sequence: {59024x1 cell}
AlleleA: {59024x1 cell}
AlleleB: {59024x1 cell}
Accession: {59024x1 cell}
FragmentLength: [59024x1 double]