mzcdfread

Считайте данные о масс-спектрометрии из файла NetCDF

Синтаксис

mzCDFStruct = mzcdfread(File)
mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'TimeRange', TimeRangeValue, ...)
mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'ScanIndices', ScanIndicesValue, ...)
mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'Verbose', VerboseValue, ...)

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, содержащая имя файла, или путь и имя файла, файла NetCDF, который содержит данные о масс-спектрометрии и соответствует ANDI/MS или ASTM E2077-00 (2005) стандартная спецификация или более ранние спецификации.

Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в текущей папке.

TimeRangeValue

Двухэлементный числовой массив [Start End] это указывает диапазон времени в File для которого можно считать спектры. Значение по умолчанию должно считать спектры изо всех случаев [0 Inf].

Совет

Единицы измерения времени обозначаются в глобальных атрибутах NetCDF. Для итоговой информации об областях значений времени в файле NetCDF используйте mzcdfinfo функция.

Примечание

Если вы задаете TimeRangeValue, вы не можете задать ScanIndicesValue.

ScanIndicesValue

Положительное целое число, вектор целых чисел или двухэлементный числовой массив [Start_Ind End_Ind] это задает сканирование, несколько сканирований или область значений сканирований в File читать. Start_Ind и End_Ind каждый положительные целые числа, указывающие на индекс сканирования. Start_Ind должен быть меньше End_Ind. Значение по умолчанию должно считать все сканирования.

Совет

Для получения информации об индексах сканирования в файле NetCDF проверяйте NumberOfScans поле в структуре, возвращенной mzcdfinfo функция.

Примечание

Если вы задаете ScanIndicesValue, вы не можете задать TimeRangeValue.

VerboseValue

Управляет отображением прогресса чтения File. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

Выходные аргументы

mzCDFStruct

Структура MATLAB, содержащая информацию о масс-спектрометрии из файла NetCDF. Его поля соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле NetCDF. Если переменная NetCDF содержит локальные атрибуты, дополнительное поле создается с именем поля, являющегося именем переменной, добавленным с _attributes. Номер и имена полей будут варьироваться, в зависимости от массового программного обеспечения спектрометра, но обычно существует mass_values и intensity_values поля .

Описание

mzCDFStruct = mzcdfread(File) читает файл NetCDF, File, и затем создает структуру MATLAB, mzCDFStruct.

File вектор символов или строка, содержащая имя файла, или путь и имя файла, файла NetCDF, который содержит данные о масс-спектрометрии. Файл должен соответствовать ANDI/MS или ASTM E2077-00 (2005) стандартная спецификация или более ранние спецификации.

mzCDFStruct содержит поля, которые соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле NetCDF. Если переменная NetCDF содержит локальные атрибуты, дополнительное поле создается с именем поля, являющегося именем переменной, добавленным с _attributes. Номер и имена полей будут варьироваться, в зависимости от массового программного обеспечения спектрометра, но обычно существует mass_values и intensity_values поля .

Совет

Анализ данных LC/MS требует расширенных объемов памяти от операционной системы.

  • Если вы получаете ошибки, связанные с памятью, попробуйте следующее:

  • Если вы получаете ошибки, связанные с пространством "кучи" Java®, увеличиваете ваше пространство "кучи" Java:

mzCDFStruct = mzcdfread (FilePropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы mzcdfread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'TimeRange', TimeRangeValue, ...) указывает диапазон времени в File читать. TimeRangeValue двухэлементный числовой массив [Start End]. Значение по умолчанию должно считать спектры изо всех случаев [0 Inf].

Совет

Единицы измерения времени обозначаются в глобальных атрибутах NetCDF. Для итоговой информации об областях значений времени в файле NetCDF используйте mzcdfinfo функция.

Примечание

Если вы задаете TimeRangeValue, вы не можете задать ScanIndicesValue.

mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'ScanIndices', ScanIndicesValue, ...) задает сканирование, несколько сканирований или области значений сканирований в File читать. ScanIndicesValue положительное целое число, вектор целых чисел или двухэлементный числовой массив [Start_Ind End_Ind]. Start_Ind и End_Ind каждый положительные целые числа, указывающие на индекс сканирования. Start_Ind должен быть меньше End_Ind. Значение по умолчанию должно считать все сканирования.

Совет

Для получения информации об индексах сканирования в файле NetCDF проверяйте NumberOfScans поле в структуре, возвращенной mzcdfinfo функция.

Примечание

Если вы задаете ScanIndicesValue, вы не можете задать TimeRangeValue.

mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'Verbose', VerboseValue, ...) управляет отображением прогресса при чтении File. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

Примеры

В следующем примере, файл results.cdf не обеспечивается.

  1. Считайте файл NetCDF в программное обеспечение MATLAB как структура.

    out = mzcdfread('results.cdf');

  2. Просмотрите второе сканирование в файле NetCDF путем создания отдельных переменных, содержащих интенсивность и m/z значения, и затем строящих эти значения. Добавьте заголовок и x-и поля использования меток оси Y в структуре output.

    idx1 = out.scan_index(2)+1;
idx2 = out.scan_index(3);
y = out.intensity_values(idx1:idx2);
z = out.mass_values(idx1:idx2);
stem(z,y,'marker','none')

title(sprintf('Time: %f',out.scan_acquisition_time(2)))
xlabel(out.mass_axis_units)
ylabel(out.intensity_axis_units)

Смотрите также

| | | |

Представленный в R2008b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте