Постройте зонд Affymetrix установленные значения интенсивности
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'GeneName', GeneNameValue, ...)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'Field', FieldValue, ...)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'ShowStats', ShowStatsValue, ...)
CELStruct | Структура создается affyread функция из файла Affymetrix® CEL. |
CDFStruct | Структура создается affyread функция из файла библиотеки Affymetrix CDF сопоставлена с файлом CEL. |
PS | Тестовый индекс набора или тестовый ID/имя набора. |
GeneNameValue | Средства управления, определил ли зонд имя или название гена, используются в заголовке графика. Выбором является true или false (значение по умолчанию).Примечание
|
FieldValue | Вектор символов или строка, задающая тип данных, чтобы построить. Выбор:
|
ShowStatsValue | Средства управления, включены ли линии среднего и стандартного отклонения в график. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
probesetplot( премьер-министр графиков (идеальная пара) и MM (несоответствие) значения интенсивности для заданного тестового набора. CELStruct, CDFStruct, PS)CELStruct структура, созданная affyread функция из файла Affymetrix CEL. CDFStruct структура, созданная affyread функция из файла библиотеки Affymetrix CDF сопоставлена с файлом CEL. PS тестовый индекс набора или тестовый ID/имя набора.
MATLAB использует 1- основанная индексация для зонда определила номера, в то время как CDF-файл Affymetrix использует 0- основанная индексация для зонда определила номера. Например, CDFStruct.ProbeSets(1) имеет ProbeSetNumber из 0 в ProbePairs поле .
probesetplot ( вызовы CELStruct, CDFStruct, PSPropertyName ', PropertyValue, ...)probesetplot с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
probesetplot( средства управления, определил ли зонд имя или название гена, используются в заголовке графика. Выбором является CELStruct, CDFStruct, PS,
...'GeneName', GeneNameValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
'GeneName' свойство требует, чтобы файл библиотеки GIN, сопоставленный с CEL и CDF-файлами, был расположен в той же папке как файл библиотеки CDF от который CDFStruct был создан.
probesetplot( задает тип данных, чтобы построить. Выбор: CELStruct, CDFStruct, PS,
...'Field', FieldValue, ...)
'Intensity' (значение по умолчанию)
'StdDev'
'Background'
'Pixels'
'Outlier'
probesetplot( средства управления, включены ли линии среднего и стандартного отклонения в график. Выбором является CELStruct, CDFStruct, PS,
...'ShowStats', ShowStatsValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
Этот пример использует выборочные данные от E. coli Массив Генома Антисмысла. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT использование Инструмента Передачи данных.
Также необходимо загрузить Ecoli_ASv2. Файл библиотеки CDF для E. coli Массив Генома Антисмысла. У вас могут уже быть эти файлы, если у вас есть какое-либо программное обеспечение Affymetrix GeneChip, установленное на вашей машине. В противном случае получите файлы библиотеки путем загрузки и разархивации E. coli zip-файл Генома Антисмысла Массивов.
Считайте содержимое файла CEL в структуру MATLAB.
celStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CEL');
Считайте содержимое CDF-файла в структуру MATLAB.
cdfStruct = affyread('C:\LibFiles\Ecoli_ASv2.CDF');
Постройте PM и MM значения интенсивности argG_b3172_at тестовый набор, включая среднее и стандартное отклонение.
probesetplot(celStruct, cdfStruct, 'argG_b3172_at','showstats', true)
affyread | celintensityread | probesetlink | probesetlookup | probesetvalues