scfread

Считайте данные о трассировке из файла SCF

Синтаксис

Sample = scfread(File)
[Sample, Probability] = scfread(File)
[Sample, Probability, Comments] = scfread(File)
[A, C, G, T] = scfread (File)
[A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT] = scfread (File)
[A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT, Comments, PkIndex, Base] = scfread (File)

Аргументы

File Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла SCF, отформатировали файл.

Описание

scfread считывает данные из отформатированного файла SCF в структуры MATLAB®.

Sample = scfread(File) читает SCF отформатировал файл и возвращает выборочные данные в структуре Sample, который содержит следующие поля:

Поле Описание
AВектор-столбец, содержащий интенсивность тега флюоресценции
CВектор-столбец, содержащий интенсивность тега флюоресценции C
GВектор-столбец, содержащий интенсивность тега флюоресценции G
TВектор-столбец, содержащий интенсивность тега флюоресценции T

[Sample, Probability] = scfread(File) также возвращает данные о вероятности в структуре Probability, который содержит следующие поля:

Поле Описание
peak_indexВектор-столбец, содержащий положение в файле SCF для запуска данных для каждого пика
prob_AВектор-столбец, содержащий вероятность каждой основы в последовательности, являющейся A
prob_CВектор-столбец, содержащий вероятность каждой основы в последовательности, являющейся C
prob_GВектор-столбец, содержащий вероятность каждой основы в последовательности, являющейся G
prob_TВектор-столбец, содержащий вероятность каждой основы в последовательности, являющейся T
baseВектор-столбец, содержащий названные основы для последовательности

[Sample, Probability, Comments] = scfread(File) также возвращает информацию о комментарии в файл SCF в символьном массиве Comments.

[A, C, G, T] = scfread (File) возвращает выборочные данные для четырех основ в отдельных переменных.

[A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT] = scfread (File) также возвращает данные о вероятностях для четырех основ в отдельных переменных.

[A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT, Comments, PkIndex, Base] = scfread (File) также возвращает пиковые индексы и названные основы в отдельных переменных.

Файлы SCF хранят данные от инструментов секвенирования DNA. Каждый файл включает выборочные данные, информацию о последовательности и относительные вероятности каждой из четырех основ.

Примеры

[sampleStruct, probStruct, Comments] = scfread('sample.scf')
sampleStruct = 

    A: [10827x1 double]
    C: [10827x1 double]
    G: [10827x1 double]
    T: [10827x1 double]


probStruct = 

    peak_index: [742x1 double]
        prob_A: [742x1 double]
        prob_C: [742x1 double]
        prob_G: [742x1 double]
        prob_T: [742x1 double]
          base: [742x1 char]


Comments =

SIGN=A=121,C=103,G=119,T=82
SPAC= 16.25
PRIM=0
MACH=Arkansas_SN312
DYEP=DT3700POP5{BD}v2.mob
NAME=HCIUP1D61207
LANE=6
GELN=
PROC=
RTRK=
CONV=phred version=0.990722.h
COMM=
SRCE=ABI 373A or 377 

Смотрите также

|

Представлено до R2006a

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте