weights (phytree)
Вычислите веса для филогенетического дерева
Синтаксис
W = weights(Tree)
Описание
W = weights(Tree)Tree) использование метода Томпсона-Хиггинса-Гибсона. Расстояние каждого сегмента дерева настроено путем деления его количеством листов, которые это содержит. Веса последовательности являются результатом нормализации к единице новые принадлежащие отцам церкви расстояния между каждым листом и корнем.
Примеры
Создайте ультраметрическое дерево с заданными расстояниями ветви.
bd = [1 2 3]'; tr_1 = phytree([1 2;3 4;5 6],bd)
Просмотрите дерево.
view(tr_1)
Отобразите расчетные веса.
weights(tr_1) ans = 1.0000 1.0000 0.8000 0.8000
Ссылки
[1] Томпсон ДЖД, Хиггинс ДГ, Гибсон ТДЖ (1994), "CLUSTAL W: Улучшение чувствительности прогрессивных несколько упорядочивают выравнивание посредством взвешивания последовательности, специфичных для положения штрафов разрыва и матричного выбора веса", Исследование Нуклеиновых кислот, 22 (22):4673-4680.
[2] Хеникофф С, Хеникофф ДЖГ (1994), “Основанные на положении веса последовательности”, Молекулярная биология Журнала, 243 (4):574-578.