Представление информации об эксперименте в объекте MIAME

Обзор объектов MIAME

Можно хранить информацию об экспериментальных методах и условиях из эксперимента экспрессии гена микромассивов в объекте MIAME. Это свободно следует за Минимальной информацией Об Эксперименте Микромассивов (MIAME) спецификация. Это может включать информацию о:

  • Проект эксперимента

  • Микромассивы используются

  • Выборки используются

  • Демонстрационная подготовка и маркировка

  • Процедуры гибридизации и параметры

  • Средства управления нормализацией

  • Предварительная обработка информации

  • Спецификации обработки данных

Объект MIAME включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают, и информация об эксперименте изменения, связанная с экспериментом микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать информацию. Для списка свойств и методов, см. класс MIAME.

Построение объекты MIAME

Для полной информации при построении объектов MIAME см. класс MIAME.

Построение объекта MIAME от ГЕО структуры

  1. Импортируйте bioma.data пакет так, чтобы MIAME функция конструктора доступна.

    import bioma.data.*
    
  2. Используйте getgeodata функционируйте, чтобы возвратить структуру MATLAB®, содержащую Серийные данные Gene Expression Omnibus (GEO), связанные с инвентарным номером GSE4616.

    geoStruct = getgeodata('GSE4616')
    
    geoStruct = 
    
        Header: [1x1 struct]
          Data: [12488x12 bioma.data.DataMatrix]
  3. Используйте MIAME функция конструктора, чтобы создать объект MIAME из структуры.

    MIAMEObj1 = MIAME(geoStruct);
  4. Отобразите информацию об объекте MIAME, MIAMEObj.

    MIAMEObj1 
    
    MIAMEObj1 = 
    
    Experiment Description:
      Author name: Mika,,Silvennoinen
    Riikka,,Kivelä
    Maarit,,Lehti
    Anna-Maria,,Touvras
    Jyrki,,Komulainen
    Veikko,,Vihko
    Heikki,,Kainulainen
      Laboratory: LIKES - Research Center
      Contact information: Mika,,Silvennoinen
      URL: 
      PubMedIDs: 17003243
      Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
      Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
      Other notes: 
        [1x80 char]

Построение объекта MIAME из свойств

  1. Импортируйте bioma.data пакет так, чтобы theMIAME функция конструктора доступна.

    import bioma.data.*
    
  2. Используйте MIAME функция конструктора, чтобы создать объект MIAME с помощью отдельных свойств.

    MIAMEObj2 = MIAME('investigator', 'Jane Researcher',...
                      'lab', 'One Bioinformatics Laboratory',...
                      'contact', 'jresearcher@lab.not.exist',...
                      'url', 'www.lab.not.exist',...
                      'title', 'Normal vs. Diseased Experiment',...
                      'abstract', 'Example of using expression data',...
                      'other', {'Notes:Created from a text file.'});
  3. Отобразите информацию об объекте MIAME, MIAMEObj2.

    MIAMEObj2
    
    MIAMEObj2 = 
    
    Experiment Description:
      Author name: Jane Researcher
      Laboratory: One Bioinformatics Laboratory
      Contact information: jresearcher@lab.not.exist
      URL: www.lab.not.exist
      PubMedIDs: 
      Abstract: A 4 word abstract is available. Use the Abstract property.
      No experiment design summary available.
      Other notes: 
        'Notes:Created from a text file.'

Используя свойства объекта MIAME

К свойствам доступа объекта MIAME используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname

Например, чтобы получить идентификатор PubMed публикаций, связанных с объектом MIAME:

MIAMEObj1.PubMedID

ans =

17003243

Чтобы установить свойства объекта MIAME, используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname = propertyvalue

Например, чтобы установить Laboratory свойство объекта MIAME:

MIAMEObj1.Laboratory = 'XYZ Lab'

Примечание

Имена свойства являются чувствительными к регистру. Для списка и описания всех свойств объекта MIAME, см. класс MIAME.

Используя методы объекта MIAME

Чтобы использовать методы объекта MIAME, используйте любой из следующих синтаксисов:

objectname.methodname

или

methodname(objectname)

Например, чтобы определить, пуст ли объект MIAME:

MIAMEObj1.isempty

ans =

     0

Примечание

Для полного списка методов объекта MIAME см. класс MIAME.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте