sbioconsmoiety

Найдите сохраненные половины в модели SimBiology

Синтаксис

[G, Sp] = sbioconsmoiety(modelObj) [G, Sp] = sbioconsmoiety(modelObj, alg) H = sbioconsmoiety(modelObj, alg,'p') H = sbioconsmoiety(modelObj, alg,'p', FormatArg) [SI, SD, L0, NR, ND] = sbioconsmoiety(modelObj,'link')

Аргументы

`G`	`m-by-n` матрица, где `m` количество сохраненных найденных количеств и `n` количество разновидностей в модели. Каждая строка `G` задает линейную комбинацию разновидностей, скорость изменения которых в зависимости от времени является нулем.
`Sp`	Массив ячеек имен разновидностей, который помечает столбцы `G`. Если разновидности находятся в нескольких отсеках, имена разновидностей квалифицированы с именем отсека в форме `compartmentName.speciesName`. Например, `nucleus.DNA`, `cytoplasm.mRNA`.
`modelObj`	Объект модели, который будет оценен для сохраненных половин.
`alg`	Задайте алгоритм, чтобы использовать во время оценки сохраненных половин. Допустимыми значениями является `'qr'`, `'rreduce'`, или `'semipos'`.
`H`	Массив ячеек из символьных векторов, содержащий сохраненные половины.
`p`	Распечатывает выход согласно формату, заданному `FormatArg`.
`FormatArg`	Задает форматирование для выхода `H`. `FormatArg` должен или быть вектор символов или строка, задающая `C-style` формат или положительное целое число, задающее максимальное количество цифр точности, используется.
`SI`	Массив ячеек, содержащий имена независимых разновидностей в модели.
`SD`	Массив ячеек, содержащий имена зависимых разновидностей в модели.
`L0`	Матрица ссылки relating `SI` и `SD`. Матрица ссылки `L0` удовлетворяет `ND = L0NR`. Для `'link'` функциональность, разновидности с их `BoundaryCondition` или `ConstantAmount` набор свойств к истине обработан как наличие стехиометрии нуля во всех реакциях. `L0`* разреженная матрица. Чтобы преобразовать его в полную матрицу, используйте `full` функция.
`NR`	Уменьшаемые матрицы стехиометрии, содержащие одну строку для каждой независимой разновидности. Конкатенированный матричный `[NR;ND]` переставленная в строке версия полной матрицы стехиометрии `modelObj`. `NR` разреженная матрица. Чтобы преобразовать его в полную матрицу, используйте `full` функция.
`ND`	Уменьшаемые матрицы стехиометрии, содержащие одну строку для каждой зависимой разновидности. Конкатенированная матрица `[NR; ND]` переставленная в строке версия полной матрицы стехиометрии `modelObj`. `ND` разреженная матрица. Чтобы преобразовать его в полную матрицу, используйте `full` функция.

Описание

[G, Sp] = sbioconsmoiety(modelObj) вычисляет полный набор линейных отношений сохранения для разновидностей в объекте модели SimBiology^® modelObj.

sbioconsmoiety вычисляет отношения сохранения путем анализа структуры матрицы стехиометрии объекта модели. Таким образом, sbioconsmoiety не включает разновидности, которыми управляют алгебраическим или правилами скоростей.

[G, Sp] = sbioconsmoiety(modelObj, alg) обеспечивает спецификацию алгоритма. Для alg, задайте 'qr' , 'rreduce' , или 'semipos'.

Когда вы задаете 'qr', sbioconsmoiety использует алгоритм на основе QR факторизация. С числовой точки зрения это - самый эффективный и надежный подход.
Когда вы задаете 'rreduce', sbioconsmoiety использует алгоритм на основе сокращения строки, которое дает к лучшим числам для меньших моделей. Это значение по умолчанию.
Когда вы задаете 'semipos', sbioconsmoiety возвращает отношения сохранения, в которых все коэффициенты больше или равны 0, разрешая более прозрачную интерпретацию в терминах физических количеств.

Для больших моделей, QR- основанный метод рекомендуется. Для меньших моделей сокращение строки или полуположительный алгоритм могут быть предпочтительными. Для сокращения строки и QR факторизация, количество возвращенных отношений сохранения равняются степени вырождения ранга строки матрицы стехиометрии объекта модели. Полуположительный алгоритм может возвратить различное количество отношений. Математически говоря, этот алгоритм возвращает генерирующийся набор векторов для пробела полуположительных отношений сохранения.

H = sbioconsmoiety(modelObj, alg,'p') возвращает массив ячеек из символьных векторов H содержа сохраненные количества в modelObj.

H = sbioconsmoiety(modelObj, alg,'p', FormatArg) задает форматирование для выхода H. FormatArg должен или быть C-style строка формата или положительное целое число, задающее максимальное количество цифр точности, используется.

[SI, SD, L0, NR, ND] = sbioconsmoiety(modelObj,'link') использует QR- основанный алгоритм, чтобы вычислить информацию, относящуюся к размерному сокращению, через отношения сохранения, сети реакции в modelObj.

Примеры

Пример 1

Этот пример показывает сохраненные половины в цикле.

Создайте модель с циклом. Поскольку удобство использует произвольные скорости реакции, когда это не будет влиять на результат.
```
modelObj = sbiomodel('cycle');
modelObj.addreaction('a -> b','ReactionRate','1');
modelObj.addreaction('b -> c','ReactionRate','b');
modelObj.addreaction('c -> a','ReactionRate','2*c');
```

Ищите сохраненные половины.

 [g sp] = sbioconsmoiety(modelObj)

g =

     1     1     1


sp = 

    'a'
    'b'
    'c'

Пример 2

Исследуйте полуположительные отношения сохранения в oscillator модель.

modelObj = sbmlimport('oscillator');
 sbioconsmoiety(modelObj,'semipos','p')

 ans = 

    'pol + pol_OpA + pol_OpB + pol_OpC'
    'OpB + pol_OpB + pA_OpB1 + pA_OpB_pA + pA_OpB2'
    'OpA + pol_OpA + pC_OpA1 + pC_OpA2 + pC_OpA_pC'
    'OpC + pol_OpC + pB_OpC1 + pB_OpC2 + pB_OpC_pB'

Смотрите также

getstoichmatrix

Темы

Сохраненное определение половины

Документация