Можно использовать программное обеспечение Simulink® Design Optimization™, чтобы оптимизировать модели Simulink, которые вызывают сторонние инструменты симуляции или содержат устаревший код симуляции. Для этого используйте блок S-function в Simulink. При использовании функций командной строки используйте MEX-функции MATLAB®.