Bioinformatics Toolbox™ предоставляет алгоритмы и приложения для секвенирования следующего поколения (NGS), анализа микромассивов, масс-спектрометрии и генной онтологии. Используя функции тулбокса, можно считать геномные и протеомные данные из стандартных форматов файлов, таких как СЭМ, FASTA, CEL и CDF, а также от онлайновых баз данных, таких как Gene Expression Omnibus NCBI и GenBank^®. Можно исследовать и визуализировать эти данные с браузерами последовательности, пространственными тепловыми картами и кластерграммами. Тулбокс также предоставляет статистические методы для обнаружения пиков, ввода значений для недостающих данных и выбора функций.

Можно объединить функции тулбокса, чтобы поддержать общие рабочие процессы биоинформатики. Можно использовать данные ЧИПА-Seq, чтобы идентифицировать транскрипционные факторы; анализируйте данные RNA-Seq, чтобы идентифицировать дифференцированно выраженные гены; идентифицируйте варианты номера копии и SNPs в данных микромассивов; и классифицируйте профили белка с помощью данных о масс-спектрометрии.