Установите флаг ссылок сборки мусора
H5P.set_gc_references(fapl_id,gc_ref)
H5P.set_gc_references(fapl_id,gc_ref) устанавливает флаг для собирающих "мусор" ссылок для файла, заданного идентификатором списка свойств доступа к файлу, fapl_id. gc_ref аргумент является флагом, устанавливающим ссылочную сборку мусора на на (1) или прочь (0).
fcpl = H5P.create('H5P_FILE_CREATE'); fapl = H5P.create('H5P_FILE_ACCESS'); H5P.set_gc_references(fapl,1); fid = H5F.create('myfile.h5','H5F_ACC_TRUNC',fcpl,fapl); H5F.close(fid);