chromosomeplot

Постройте идеограмму хромосомы с шаблоном G-соединения

Синтаксис

chromosomeplot(CytoData) chromosomeplot(CytoData, ChromNum) chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'Orientation', OrientationValue, ...) chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'ShowBandLabel', ShowBandLabelValue, ...) chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'AddToPlot', AddToPlotValue, ...) chromosomeplot(..., 'Unit', UnitValue, ...) chromosomeplot(..., 'CNV', CNVValue, ...)

Аргументы

`CytoData`	Любое из следующего: Вектор символов или строка, задающая файл, содержащий цитогенетические данные G-соединения (в модулях BP), таких как текстовый файл идеограммы NCBI или Браузер Генома UCSC cytoband текстовый файл. Структура, содержащая цитогенетические данные G-соединения (в модулях BP) в следующих полях: `ChromLabels` `BandStartBPs` `BandEndBPs` `BandLabels` `GieStains` Совет Используйте `cytobandread` функция, чтобы создать структуру, чтобы использовать для `CytoData`.
`ChromNum`	Скаляр или вектор символов или строка, задающая одну хромосому, чтобы построить. Действительные доступы являются целыми числами, `'X'`, и `'Y'`. Примечание Установка `ChromNum` к `0` построит идеограммы для всех хромосом.
`OrientationValue`	Вектор символов или строка или номер, который задает ориентацию идеограммы одной хромосомы, заданной `ChromNum`. Выбором является `'Vertical'` или `1` (значение по умолчанию) и `'Horizontal'` или `2`.
`ShowBandLabelValue`	Управляет отображением меток полосы (таких как `q25.3`) при графическом выводе одной идеограммы хромосомы, заданной `ChromNum`. Выбором является `true` (значение по умолчанию) или `false`.
`AddToPlotValue`	Имя переменной оси вращения, в которую можно добавить одну идеограмму хромосомы, заданную `ChromNum`. Примечание Если вы используете это свойство добавить идеограмму в график геномных данных, которые находятся в модулях кроме BP, используйте `'Unit'` свойство преобразовать данные об идеограмме в соответствующие модули. Совет Прежде, чем распечатать фигуру, содержащую добавленную идеограмму хромосомы, измените предпосылки к белому путем выдачи следующей команды: set(gcf,'color','w')
`UnitValue`	Целое число, которое задает модули (пары оснований, пары оснований килограмма или мега пары оснований) для запуска и окончания геномных положений. Этот модуль используется во всплывающей подсказке, отображенной, когда вы наводите курсор на хромосомы в идеограмме. Этот модуль может также использоваться при использовании `'AddToPlot'` свойство добавить идеограмму в график, который находится в модулях кроме BP. Выбором является `1` (BP), `2` (Кбит) или `3` (mb). Значением по умолчанию является `1` (BP).
`CNVValue`	Управляет отображением данных об отклонении номера копии (CNV), обеспеченных `CNVValue`, выровненный к идеограмме хромосомы. Усиления отображают зеленым направо или выше идеограммы, в то время как потери отображают красным налево или ниже идеограммы. `CNVValue` массив структур, содержащий эти четыре поля, описанные в приведенной ниже таблице.

Описание

chromosomeplot(CytoData) строит идеограмму всех хромосом, с помощью информации от CytoData, структура, содержащая цитогенетические данные G-соединения (в модулях BP), или вектор символов или строка, задающая файл, содержащий цитогенетические данные G-соединения (в модулях BP), таких как текстовый файл идеограммы NCBI или Браузер Генома UCSC cytoband текстовый файл. Полосы G отличают различные области хромосомы. Например, для идеограммы Человека разумного, возможные полосы G:

gneg — белый
gpos25 — светло-серый
gpos50 — средний серый
gpos75 — темно-серый
gpos100 — черный
acen — красный (центромера)
stalk — область с отступом (область с повторениями)
gvar — голубой

Более темные полосы В-БОГАТОМ, в то время как более легкие полосы богаты GC.

chromosomeplot(CytoData, ChromNum) строит идеограмму одной хромосомы, заданной ChromNum.

chromosomeplot (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы chromosomeplot с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'Orientation', OrientationValue, ...) задает ориентацию идеограммы одной хромосомы, заданной ChromNum. Выбором является 'Vertical' или 1 (значение по умолчанию) и 'Horizontal' или 2.

Примечание

При графическом выводе идеограммы всех хромосом ориентация является всегда вертикальной.

chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'ShowBandLabel', ShowBandLabelValue, ...) метки полосы отображений (такие как q25.3) при графическом выводе одной идеограммы хромосомы, заданной ChromNum. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'AddToPlot', AddToPlotValue, ...) добавляет одна идеограмма хромосомы, заданная ChromNum, к оси вращения, заданной AddToPlotValue.

Примечание

Если вы используете это свойство добавить идеограмму в график геномных данных, которые находятся в модулях кроме BP, используйте 'Unit' свойство преобразовать данные об идеограмме в соответствующие модули.

Совет

Прежде, чем распечатать фигуру, содержащую добавленную идеограмму хромосомы, измените предпосылки к белому путем выдачи следующей команды:

set(gcf,'color','w')

chromosomeplot(..., 'Unit', UnitValue, ...) задает модули (пары оснований, пары оснований килограмма или мега пары оснований) для запуска и окончания геномных положений. Этот модуль используется во всплывающей подсказке, отображенной, когда вы наводите курсор на хромосомы в идеограмме. Этот модуль может также использоваться при использовании 'AddToPlot' свойство добавить идеограмму в график, который находится в модулях кроме BP. Выбором является 1 (BP), 2 (Кбит) или 3 (mb). Значением по умолчанию является 1 (BP).

chromosomeplot(..., 'CNV', CNVValue, ...) данные об отклонении номера копии (CNV) отображений, обеспеченные CNVValue, выровненный к идеограмме хромосомы. Усиления отображают зеленым направо или выше идеограммы, в то время как потери отображают красным налево или ниже идеограммы. CNVValue массив структур, содержащий следующие поля. Каждое поле должно содержать то же число элементов.

Поле	Описание
`Chromosome`	Любое из следующего: Числовой вектор, содержащий номер хромосомы, на котором расположен каждый CNV. Примечание Для сексуальной хромосомы, `X`, используйте N, где N = количество аутосом + 1. Для сексуальной хромосомы, `Y`, используйте M, где M = количество аутосом + 2. Например, для Человека разумного используют `23` для `X` и `24` для `Y`, и для Домовой мыши (мышь лаборатории), используйте `20` для `X` и `21` для `Y`. Символьный массив, содержащий номер хромосомы, на котором расположен каждый CNV. Примечание Используя символьный массив позволяет вам использовать символы `X` и `Y` (вместо чисел) для сексуальных хромосом. Однако всеми элементами в массиве должна быть та же ширина, которая может потребовать, чтобы вы добавили пробелы в некоторые векторы символов. Например: [' 1'; ' 2'; '10'; ' X'] Или можно использовать `char` функция с массивом ячеек, чтобы создать символьный массив чисел хромосомы и букв. Например: char({'1', '2', '10', 'X'})
`CNVType`	Числовой вектор, содержащий тип каждого CNV, любого `1` (потеря) или `2` (усиление).
`Start`	Числовой вектор, содержащий стартовое геномное положение каждого CNV. Модули должны быть в парах оснований.
`End`	Числовой вектор, содержащий конечное геномное положение каждого CNV. Модули должны быть в парах оснований.

Примеры

свернуть все

Постройте идеограммы хромосомы

Скрипт Open Live Script

Считайте цитогенетические информации соединения для Человека разумного в структуру.

hs_cytobands = cytobandread('hs_cytoBand.txt')

hs_cytobands = struct with fields:
     ChromLabels: {862x1 cell}
    BandStartBPs: [862x1 int32]
      BandEndBPs: [862x1 int32]
      BandLabels: {862x1 cell}
       GieStains: {862x1 cell}

Постройте целую идеограмму хромосомы.

chromosomeplot(hs_cytobands);
title('Human Karyogram')

Можно отобразить идеограмму определенной хромосомы путем щелчка правой кнопкой по нему по графику, затем выбора Display in New Figure> Vertical или Horizontal.

Можно также программно отобразить идеограмму определенной хромосомы, установить ориентацию и модули, используемые во всплывающей подсказке к парам оснований килограмма.

chromosomeplot(hs_cytobands, 15, 'Orientation', 2, 'Unit', 2);

Наведите на хромосому, чтобы просмотреть всплывающую подсказку. Чтобы получить больше информации об определенной полосе, нажмите кнопку Data Cursor на панели инструментов и кликните по полосе в графике. Использование контекстное меню (щелкает правой кнопкой), чтобы видеть больше опций, таких как удаление или создание всплывающей подсказки.

Отобразите данные об изменении номера копии, выровненные к идеограмме хромосомы

Скрипт Open Live Script

Загрузите основанный на массиве CGH (aCGH) данные из исследования клеточной линии Coriell (Snijders, A. и др., 2001).

load coriell_baccgh

Используйте cghcbs функция, чтобы анализировать хромосому 10 из демонстрационных 3 (GM05296) aCGH данных и возвратить данные об отклонении номера копии (CNV) в структуре, S. Постройте средние значения сегмента по исходным данным только для хромосомы 10 из демонстрационных 3.

S = cghcbs(coriell_data,'sampleindex',3,'chromosome',10,...
           'showplot',10);

Analyzing: GM05296. Current chromosome 10

Используйте функцию chromosomeplot с 'addtoplot' опцией, чтобы добавить идеограмму хромосомы 10 для Человека разумного к графику. Поскольку график данных CNV из исследования клеточной линии Coriell находится в модулях Кбита, используйте свойство 'Unit' преобразовать данные об идеограмме в модули Кбита.

set(gcf,'color','w'); % Set the background of the figure to white.
chromosomeplot('hs_cytoBand.txt', 10, 'addtoplot', gca,...
               'Unit', 2);

Ссылки

[1] Snijders, Утра, Nowak, N., Segraves, R., Блэквуд, S., Браун, N., Conroy, J., Гамильтон, G., Hindle, A.K., Хьюи, B., Kimura, K., Закон, S., Myambo, K., Паломник, J., Ylstra, B., Юэ, J.P., Серый, J.W., джайн, А.Н., Pinkel, D., и Альбертсон, D.G. (2001). Блок микромассивов для измерения всего генома ДНК копирует номер. Генетика природы 29, 263–264.

Смотрите также

cghcbs | cytobandread

Представленный в R2007b

Документация