emblread

Считайте данные из файла EMBL

свернуть все на странице

Синтаксис

EMBLData = emblread(File) EMBLSeq = emblread (File, 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue)

Входные параметры

File

Любое из следующего:

Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Файл, на который ссылаются, является EMBL-отформатированным файлом. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB^® или в Текущей папке MATLAB.
Вектор символов или строка, которая содержит текст EMBL-отформатированного файла

Совет

Можно использовать getembl функция с 'ToFile' свойство получить данные от базы данных European Molecular Biology Laboratory (EMBL) и создать EMBL-отформатированный файл.

SequenceOnlyValue Управляет чтением только последовательности без метаданных. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

`EMBLData`	Структура с полями, соответствующими данным EMBL.
`EMBLSeq`	Вектор символов, представляющий последовательность.

Описание

EMBLData = emblread(File) считывает данные из File, EMBL-отформатированный файл, и создает EMBLData, структура MATLAB, содержащая поля, соответствующие 2D символьной линии EMBL, вводит код, на основе релиза 107 формата плоского файла EMBL-Bank. Каждый код типа линии хранится как отдельный элемент в структуре. Для списка 2D символьных кодов типа линии EMBL см. ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/doc/usrman.txt.

Примечание

Информация о топологии не была включена в плоские файлы EMBL перед релизом 87 базы данных. При чтении файла, созданного перед релизом 87, EMBLREAD возвращает пустой Identification.Topology поле .

Примечание

Имя записи больше не отображается в линии ID плоских файлов EMBL в релизе 87. При чтении файла, созданного в релизе 87, EMBLREAD возвращает инвентарный номер в Identification.EntryName поле .

EMBLSeq = emblread (File, 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue) управляет чтением только последовательности без метаданных. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примеры

свернуть все

Считайте информации последовательности из файла EMBL

Открыть скрипт

Загрузите информацию о последовательности с сети и сохраните в файл.

out = getembl('X00558','ToFile','rat_protein.txt');

Считайте данные из файла EMBL.

seqData = emblread('rat_protein.txt')

seqData = 

  struct with fields:

            Identification: [1×1 struct]
                 Accession: 'X00558'
           SequenceVersion: 'X00558.1'
               DateCreated: '13-JUN-1985  Rel. 06, Created '
               DateUpdated: '18-APR-2005  Rel. 83, Last updated, Version 4 '
               Description: 'Rat liver apolipoprotein A-I mRNA  apoA-I    ...'
                   Keyword: 'apolipoprotein; lipoprotein; signal peptide. ...'
           OrganismSpecies: 'Rattus norvegicus  Norway rat                ...'
    OrganismClassification: [3×75 char]
                 Organelle: ''
                 Reference: {[1×1 struct]}
    DatabaseCrossReference: [4×75 char]
                  Comments: ''
                  Assembly: ''
                   Feature: [22×75 char]
                 BaseCount: [1×1 struct]
                  Sequence: 'agctccgggggaggtcgcccacatccttcgggatgaaagctgcag...'

Представлено до R2006a

Документация