NGS Browser

(Чтобы быть удаленным), Визуализируют и исследуют выравнивания

Приложение будет удалено в будущем релизе. Используйте Genomics Viewer вместо этого.

Описание

Приложение NGS Browser позволяет вам визуализировать и исследовать выравнивание чтений к ссылочной последовательности.

Вы можете:

  • Визуализируйте данные короткого чтения, выровненные к последовательности ссылки нуклеотида, и сравните несколько наборов данных, выровненных с последовательностью общей ссылки.

  • Просмотрите покрытие различных областей ссылочной последовательности.

  • Исследуйте качество и другие детали выровненных чтений.

  • Идентифицируйте полиморфизмы и визуализируйте вставки и удаления.

  • Получите аннотации функции относительно определенной области ссылочной последовательности.

NGS Browser app

Откройте приложение NGS Browser

  • MATLAB® Toolstrip: На вкладке Apps, под Computational Biology, кликают по значку приложения.

  • Командная строка MATLAB: Войти ngsbrowser.

Примеры

развернуть все

Создайте объект BioMap из SAM-отформатированного файла.

b = BioMap('ex1.sam');

Отобразите объект в NGS Browser.

ngsbrowser(b)

Связанные примеры

Программируемое использование

развернуть все

ngsbrowser открывает приложение NGS Browser.

ngsbrowser(biomapObj) импортирует объект BioMap biomapObj содержание информации о выравнивании последовательности и открывает его в приложении.

Вопросы совместимости

развернуть все

Предупреждает запуск в R2019b

Смотрите также

Приложения

Представленный в R2011b
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте