seqneighjoin

Создайте филогенетическое дерево с помощью соединяющего соседа метода

Синтаксис

PhyloTree = seqneighjoin(Distances) PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method) PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method, Names) PhyloTree = seqneighjoin(..., 'Reroot', RerootValue)

Входные параметры

`Distances`	Матрица или вектор, содержащий биологические расстояния между парами последовательностей, такой, как возвращено `seqpdist` функция.
`Method`	Вектор символов или строка, задающая метод, чтобы вычислить расстояния между узлами. Выбором является `'equivar'` (значение по умолчанию) или `'firstorder'`.
`Names`	Любое из следующего: Вектор из структур с полями `Header` и `Name` Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки Число элементов должно равняться количеству выборок, используемых, чтобы сгенерировать попарные расстояния в `Distances`.

Описание

PhyloTree = seqneighjoin(Distances) вычисляет PhyloTree, филогенетический древовидный объект, от Distances, попарные расстояния между разновидностями или продуктами, с помощью соединяющего соседа метода.

PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method) задает Method, метод, чтобы вычислить расстояния новых узлов ко всем другим узлам в каждой итерации. Общее выражение, чтобы вычислить расстояния между новым узлом, n, после присоединения i и j и все другие узлы (k), дают

D(n,k) =  a*D(i,k) + (1-a)*D(j,k) - a*D(n,i) - (1-a)*D(n,j)

Это выражение, как гарантируют, найдет правильное дерево с аддитивными данными (минимальное сокращение отклонения).

Выбор для Method :

Метод	Описание
`equivar` (значение по умолчанию)	Принимает равное отклонение и независимость эволюционных оценок расстояния (= 1/2), такой как в исходном соединяющем соседа алгоритме Saitou и Nei, JMBE (1987) или как в Studier и Keppler, JMBE (1988).
`firstorder`	Принимает модель первого порядка отклонений и ковариации эволюционных оценок расстояния, с `'a'` будучи настроенным в каждой итерации к значению между `0` и `1`, такой как в Gascuel, JMBE (1997).

PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method, Names) передачи Names, список имен (таких как разновидности или продукты), чтобы пометить вершины в филогенетическом древовидном объекте.

PhyloTree = seqneighjoin(..., 'Reroot', RerootValue) задает, повторно базироваться ли PhyloTree. Выбором является true (значение по умолчанию) или false. Когда RerootValue false, seqneighjoin исключает переукоренение получившегося дерева, которое полезно для наблюдения исходного приказа рычажного устройства, выполненного алгоритмом. seqneighjoin по умолчанию повторно базируется получившееся дерево с помощью метода средней точки.

Примеры

свернуть все

Создайте Phylogenetic Tree с помощью Соседнего Метода Присоединения

Скрипт Open Live Script

Создайте массив структур, представляющих выравнивание кратного аминокислот:

seqs = fastaread('pf00002.fa');

Измерьте Jukes-Cantor попарные расстояния между последовательностями.

distances = seqpdist(seqs,'method','jukes-cantor','indels','pair');

Используйте выходной аргумент distances, вектор, содержащий биологические расстояния между каждой парой последовательностей, как входной параметр к seqneighjoin.

Создайте филогенетическое дерево для выравнивания последовательности нескольких с помощью соединяющего соседа алгоритма. Задайте метод, чтобы вычислить расстояния новых узлов ко всем другим узлам.

phylotree = seqneighjoin(distances,'equivar',seqs)

    Phylogenetic tree object with 32 leaves (31 branches)

Просмотрите филогенетическое дерево:

view(phylotree)

Ссылки

[1] Saitou, N. и Nei, M. (1987). Соединяющий соседа метод: новый метод для восстановления филогенетических деревьев. Молекулярная биология и Эволюция 4 (4), 406–425.

[2] Gascuel, O. (1997). BIONJ: улучшенная версия алгоритма NJ на основе простой модели данных о последовательности. Молекулярная биология и Эволюция 14 685–695.

[3] Studier, J.A., Keppler, K.J. (1988). Примечание по соединяющему соседа алгоритму Saitou и Nei. Молекулярная биология и Эволюция 5 (6) 729–731.

Представлено до R2006a

Документация