Симулируйте биологическую изменчивость дрожжей G цикл белка Используя деформации Дикого Типа и мутанта
В этом примере показано, как создать и применить вариант к модели белка G деформации дикого типа. Вариант представляет значение параметров для модели белка G деформации мутанта. Таким образом, когда вы симулируете модель, не применяя вариант, вы видите результаты для дикой деформации типа, и когда вы симулируете модель с вариантом, вы видите результаты для деформации мутанта. Этот пример использует модель, описанную в Модели Дрожжей Гетеротримерный Цикл Белка G.
Значение параметра kGd 0.11 для деформации дикого типа и 0.004 для деформации мутанта. Чтобы представлять деформацию мутанта, вы сохраните альтернативное значение 0.004 для kGd параметр в различном объекте, и применяет этот вариант при симуляции модели.
Для получения информации о вариантах смотрите Варианты в Моделях SimBiology.
Загрузите gprotein.sbproj проект, который включает переменную m1, объект модели SimBiology®.
sbioloadproject gproteinМожно создать вариант исходной модели путем определения различного значения параметров для kGd параметр модели. Во-первых, добавьте вариант в m1 объект модели.
v1 = addvariant(m1,'mutant_strain');Затем добавьте параметр kGd со значением 0.004 к различному объекту v1.
addcontent(v1,{'parameter','kGd','Value',0.004});Симулируйте дикую модель типа.
[t,x,names] = sbiosimulate(m1);
Симулируйте модель деформации мутанта путем применения варианта.
[tV,xV,names] = sbiosimulate(m1,v1);
Постройте и сравните симулированные результаты.
subplot(1,2,1) plot(t,x); legend(names); xlabel('Time'); ylabel('Amount'); title('Wild Type'); subplot(1,2,2) plot(tV,xV); legend(names); xlabel('Time'); ylabel('Amount'); title('Mutant Strain');
