Exponenta Banner

Высокопроизводительное секвенирование

Экспрессия гена, транскрипционный фактор и анализ метилирования методов секвенирования следующего поколения (NGS), включая секвенирование РНК и CHiP-секвенирование

Высокопроизводительные методы секвенирования генерируют большие объемы данных и требуют устойчивых вычислительных аппаратов для последующего анализа. Bioinformatics Toolbox™ предоставляет алгоритмы, для анализа данных секвенирования следующего поколения (NGS), такие как фильтрация и обрезка показаний, сопоставление показаний и ссылок, подсчет количества чтений, сопоставленных с геномными функциями и выполнением статистического анализа.

Подсвеченные темы
  • Импорт данных
    Импортируйте данные о Секвенировании следующего поколения (NGS) и покажите аннотации от СЭМА, BAM, FASTA, FASTQ, GTF и файлов GFF
  • Предварительная обработка
    Управляйте данными NGS с синглом - и чтения парного конца, фильтр и обрежьте чтения и качественную статистику отображения
  • Выравнивание
    Сопоставьте чтения со ссылочной последовательностью (последовательностями)
  • Статистический анализ
    Считайте резюмирование и статистические анализы данных ЧИПА-seq и RNA-seq
  • Визуализация
    Визуализируйте выравнивание чтений к ссылочным последовательностям

Рекомендуемые примеры

Identifying Differentially Expressed Genes from RNA-Seq Data

Идентификация дифференцированно описанных генов из данных RNA-Seq

Протестируйте данные RNA-Seq на дифференцированно описанные гены с помощью отрицательной биномиальной модели.

Открыть скрипт
Exploring Protein-DNA Binding Sites from Paired-End ChIP-Seq Data

Исследование связывающих участков ДНК белка из данных ЧИПА-Seq Парного Конца

Выполните анализ всего генома транскрипционного фактора в организме модели Arabidopsis Thaliana (Thale Cress).

Открыть скрипт
Exploring Genome-wide Differences in DNA Methylation Profiles

Исследование различий всего генома в профилях метилирования ДНК

Выполните анализ всего генома метилирования ДНК в человеке при помощи секвенирования генома.

Открыть скрипт
Count Features from NGS Reads

Считайте функции от чтений NGS

Выровняйте чтения парного конца к целому геному человека и обобщите чтения.

Открыть скрипт

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка