cytobandread

Считайте цитогенетические информации соединения

Синтаксис

CytoStruct = cytobandread(File)

Входные параметры

FileВектор символов или строка, задающая файл, содержащий цитогенетические данные G-соединения, такие как текстовый файл идеограммы NCBI или Браузер Генома UCSC cytoband текстовый файл.

Выходные аргументы

CytoStructСтруктура, содержащая цитогенетические данные G-соединения в следующих полях:
  • ChromLabels

  • BandStartBPs

  • BandEndBPs

  • BandLabels

  • GieStains

Описание

CytoStruct = cytobandread(File) чтения File, который является вектором символов или строкой, задающей файл, содержащий цитогенетические данные G-соединения, и возвращает CytoStruct, который является структурой, содержащей следующие поля.

Поле Описание
ChromLabelsМассив ячеек, содержащий метку хромосомы (номер или буква), на котором расположена каждая полоса.
BandStartBPsВектор-столбец, содержащий количество пары оснований в начале каждой полосы.
BandEndBPsВектор-столбец, содержащий количество пары оснований в конце каждой полосы.
BandLabelsМассив ячеек, содержащий метку FISH каждой полосы, например, p32.3.
GieStainsМассив ячеек, содержащий Giemsa, окрашивающий результат для каждой полосы. Возможные результаты окраски зависят от разновидностей. Например, для Человека разумного, возможности:
  • gneg

  • gpos25

  • gpos50

  • gpos75

  • gpos100

  • acen

  • stalk

  • gvar

Совет

Можно загрузить файлы, содержащие цитогенетические данные G-соединения из NCBI или FTP-сайта Браузера Генома UCSC. Например, можно загрузить цитогенетические данные о соединении для Человека разумного от:

Примеры

свернуть все

Считайте цитогенетические информации соединения для Человека разумного в структуру.

bands = cytobandread('hs_cytoBand.txt')
bands = struct with fields:
     ChromLabels: {862x1 cell}
    BandStartBPs: [862x1 int32]
      BandEndBPs: [862x1 int32]
      BandLabels: {862x1 cell}
       GieStains: {862x1 cell}

Постройте целую идеограмму хромосомы.

chromosomeplot(bands)
title('Human Karyogram')

Смотрите также

Представленный в R2007b
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте