Exponenta Banner

joinseq

Соедините две последовательности, чтобы произвести самую короткую суперпоследовательность

Синтаксис

SeqNT3 = joinseq(SeqNT1, SeqNT2)

Аргументы

SeqNT1, SeqNT2Последовательности нуклеотида. Введите вектор символов или строку для каждой последовательности.

Описание

SeqNT3 = joinseq(SeqNT1, SeqNT2) создает новую последовательность, которая является самой короткой суперпоследовательностью SeqNT1 и SeqNT2. Если нет никакого перекрытия между последовательностями, то SeqNT2 конкатенирован в конец SeqNT1. Если длина перекрытия является тем же самым в обоих концах последовательности, то перекрытие в конце SeqNT1 и запуск SeqNT2 используется, чтобы соединить последовательности.

Если SeqNT1 подпоследовательность SeqNT2, затем SeqNT2 возвращен как самая короткая суперпоследовательность и наоборот.

Примеры

Соедините две последовательности, которые содержат перекрытие.

seq1 = 'ACGTAAA';
seq2 = 'AAATGCA';
joined = joinseq(seq1,seq2)

joined =
    ACGTAAATGCA

Смотрите также

| |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка