Класс: BioIndexedFile
Считайте одну или несколько записей из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile
Output
= read(BioIFobj
, Indices
)
Output
= read(BioIFobj
, Key
)
читает записи, заданные Output
= read(BioIFobj
, Indices
)Indices
от исходного файла, сопоставленного с BioIFobj
, объект BioIndexedFile. Indices
вектор из положительных целых чисел, задающих индексы к записям в исходном файле. read
метод читает и анализирует записи с помощью функции, заданной Interpreter
свойство объекта BioIndexedFile. Непосредственное отношение существует между номером и порядком элементов в Indices
и Output
, даже если Indices
повторил записи. Output
структура или массив структур, содержащих проанализированные данные, возвращенные функцией интерпретатора.
читает записи, заданные Output
= read(BioIFobj
, Key
)Key
от исходного файла, сопоставленного с BioIFobj
, объект BioIndexedFile. Key
вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько ключей к записям в исходном файле. read
метод читает и анализирует записи с помощью функции, заданной Interpreter
свойство объекта BioIndexedFile. Если ключи в исходном файле не уникальны, read
метод читает все записи, которые совпадают с заданным ключом, всеми в положении ключа в Key
cellArray. Если ключи в исходном файле уникальны, существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Key
и Output
.
|
Объект |
|
Вектор из положительных целых чисел, задающих индексы к записям в исходном файле, сопоставлен с |
|
Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько ключей в исходном файле. |
|
Структура или массив структур, содержащих проанализированные данные, возвращенные функцией интерпретатора. |
Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между условиями генной онтологии (GO) и названиями генов:
% Create variable containing full absolute path of source file sourcefile = which('yeastgenes.sgd'); % Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate % the source file is a tab-delimited file where contiguous rows % with the same key are considered a single entry. Store the % index file in the Current Folder. Indicate that keys are % located in column 3 and that header lines are prefaced with ! gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ... 'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')
Считайте ПОЙТИ термин из всех записей, которые сопоставлены с геном YAT2:
% Access entries that have the string YAT2 in their keys YAT2_entries = getEntryByKey(gene2goObj, 'YAT2'); % Adjust the object interpreter to return only the column % containing the GO term gene2goObj.Interpreter = @(x) regexp(x,'GO:\d+','match') % Parse the entries with a key of YAT2 and return all GO terms % from those entries GO_YAT2_entries = read(gene2goObj, 'YAT2')
GO_YAT2_entries = 'GO:0004092' 'GO:0005737' 'GO:0006066' 'GO:0006066' 'GO:0009437'
Перед использованием read
метод, убедитесь Interpreter
свойство объекта BioIndexedFile установлено соответственно. Interpreter
свойство является указателем на функцию, которая анализирует записи в исходном файле. Функция интерпретатора должна принять вектор символов одной или нескольких конкатенированных записей и возвратить структуру или массив структур, содержащих интерпретированные данные.
Если объект BioIndexedFile был создан из исходного файла со специализированным форматом, таким как 'SAM'
, 'FASTQ'
, или 'FASTA'
, Interpreter
по умолчанию свойство является указателем на функцию, подходящую для того типа файла, и обычно не требует, чтобы вы изменили его. Если объект BioIndexedFile был создан из исходного файла с
'TABLE'
, 'MRTAB'
, или 'FLAT'
формат, затем Interpreter
по умолчанию свойством является
[]
, что означает, что интерпретатор является анонимной функцией, в которой выход эквивалентен входу.
Для получения информации об установке Interpreter
свойство, смотрите BioIndexedFile
класс.