Создайте точечную диаграмму двух последовательностей
seqdotplot(
Seq1
, Seq2
)
seqdotplot(Seq1
,Seq2
, Window
, Number
)
Matches
= seqdotplot(...)
[Matches, Matrix
] = seqdotplot(...)
Seq1 , Seq2 | Нуклеотид или последовательности аминокислот. Введите вектор символов или строку для каждой последовательности. Не вводите вектор из целых чисел. Можно также ввести структуру с полем Sequence . |
Window | Введите целое число для размера окна. |
Number | Введите целое число для количества символов в окне то соответствие. |
seqdotplot(
строит фигуру, которая визуализирует соответствие между двумя последовательностями.Seq1
, Seq2
)
seqdotplot(
последовательность графиков соответствует, когда существует, по крайней мереSeq1
,Seq2
, Window
, Number
)
соответствия в окне размера , Number
. Window
При графическом выводе последовательностей нуклеотида начните с Window
из 11
и Number
из 7
.
возвращает количество точек в матрице точечной диаграммы. Matches
= seqdotplot(...)
[
возвращает точечную диаграмму как разреженную матрицу.Matches, Matrix
] = seqdotplot(...)
Этот пример показывает общие черты между прионным белком (PrP) последовательности нуклеотида двух жвачных животных, муфлона и золотым такином.
moufflon = getgenbank('AB060288','Sequence',true); takin = getgenbank('AB060290','Sequence',true); seqdotplot(moufflon,takin,11,7)
Примечание
Для правильной интерпретации точечной диаграммы разрешение дисплея вашего монитора должно смочь содержать длины последовательности. Если разрешение не соответствует, seqdotplot
изменяет размер изображения и возвращает предупреждение.
Matches = seqdotplot(moufflon,takin,11,7) Matches = 5552 [Matches, Matrix] = seqdotplot(moufflon,takin,11,7)