Класс: термин
Вектор символов только для чтения, описывающий онтологию, ИДЕТ термин
ontology
свойство только для чтения термина класс. ontology
вектор символов, описывающий онтологию ПОЙТИ термина.
'molecular function' |
'biological process' |
'cellular component' |
Используйте ontology
свойство определить онтологию объектов термина, или получить доступ или отфильтровать объекты термина онтологией.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в MATLAB.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Отобразите онтологию термина объект в 155-м положении в объекте geneont, GeneontObj
.
GeneontObj.terms(155).ontology ans = molecular function
Совет
Если вы знаете ПОЙТИ идентификатор (например, 179) объекта термина, вместо его индекса или номера положения (например, 155), можно использовать следующий синтаксис, чтобы отобразить онтологию объекта термина:
GeneontObj(179).terms.ontology
Для справки, преобразующей индекс или количество положения объекта термина к ИДТИ идентификатор, смотрите term.id
свойство.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Отобразите массив структур, содержащий 27 786 объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.
GeneontObj.terms 27786x1 struct array with fields: id name ontology definition comment synonym is_a part_of obsolete
Просмотрите свойства термина объект в 14,723-м положении в объекте geneont.
GeneontObj.terms(14723) id: 31655 name: 'negative regulation of heat dissipation' ontology: 'biological process' definition: [1x113 char] comment: '' synonym: {4x2 cell} is_a: [3x1 double] part_of: 31653 obsolete: 0
Создайте массив ячеек из символьных векторов, которые перечисляют ontology
свойство для каждого термина в объекте geneont.
ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');
Создайте логическую маску, которая идентифицирует все условия с ontology
свойство cellular component
.
mask = strcmp(ontologies,'cellular component');
Примените логическую маску ко всем условиям в GeneontObj
объект geneont возвратить структуру, содержащую только, называет с ontology
свойство cellular component
.
cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask) 2362x1 struct array with fields: id name ontology definition comment synonym is_a part_of obsolete
Существует 2 362 условия с ontology
свойство cellular component
.