3-D структуры белков и молекул часто необходимы, чтобы изучить их функции на молекулярном уровне. Bioinformatics Toolbox™ позволяет вам импортировать такую структурную информацию, хранившую в файлах банка данных белка (PDB) и визуализировать их в интерактивном режиме. Наложите структуры и анализируйте их использование графики Ramachandran. Можно также предсказать и чертить вторичную структуру последовательности RNA.