Exchange Bioinformatics Data Between Excel и MATLAB
Используя Excel и MATLAB вместе
Если у вас есть данные о биоинформатике в Excel® (2007 или более новый) электронная таблица, используйте Spreadsheet Link™ для:
Excel Connect с MATLAB® Workspace, чтобы обмениваться данными
Используйте MATLAB и вычислительный Bioinformatics Toolbox™ и функции визуализации
О примере
Примечание
Следующий пример принимает, что вам установили программное обеспечение Spreadsheet Link в вашей системе.
Файл Excel, используемый в следующем примере, содержит данные DeRisi, J.L., Iyer, V.R., и Браун, отделение связи (24 октября 1997). Исследование метаболического и генетического управления экспрессии гена по геномной шкале. Наука 278 (5338), 680–686. PMID: 9381177. Данные были отфильтрованы с помощью шагов, описанных в Анализе Профиля Экспрессии гена.
Прежде, чем запустить пример
Если не уже сделанный, измените свой системный путь, чтобы включать корневую папку MATLAB как описано в документации Spreadsheet Link.
Если не уже сделанный, включите Дополнение Spreadsheet Link как описано в Дополнительном Setup (Spreadsheet Link).
Закройте MATLAB и Excel, если они открыты.
Start Excel. MATLAB и программное обеспечение Spreadsheet Link автоматически запускаются.
От Excel открытого, следующий файл предоставил программное обеспечение Bioinformatics Toolbox:
matlabroot\toolbox\bioinfo\biodemos\Filtered_Yeastdata.xlsm
Примечание
matlabrootкорневая папка MATLAB, которая является, где программное обеспечение MATLAB установлено в вашей системе.В программном обеспечении Excel включите макросы. Кликните по вкладке Developer, и затем выберите Macro Security из группы Кода. Если вкладка Developer не отображена на ленте Excel, консультируйтесь с Excel Help, чтобы отобразить его. Если вы сталкиваетесь, "Не может найти проект или библиотеку" ошибкой, вы можете должны быть обновить ссылки в программном обеспечении Visual Basic. Открытый Visual Basic путем нажатия на вкладку Developer и выбора Visual Basic. Затем выберите Tools> References> SpreadsheetLink. Если флажок MISSING: exclink2007.xlam устанавливается, очистите его.
Выполнение примера для целого набора данных
В обеспеченном файле Excel обратите внимание, что столбцы A через H содержат данные DeRisi и др. Также обратите внимание, что ячейки J5, J6, J7 и J12 содержат формулы с помощью функций Spreadsheet Link
MLPutMatrixиMLEvalString.Совет
Чтобы просмотреть формулу ячейки, выберите ячейку, и затем просмотрите формулу в панели формул
наверху окна Excel.Выполните формулы в ячейках J5, J6, J7 и J12, путем выбора ячейки, нажатия F2, и затем нажатия Enter.
Каждая из первых трех ячеек содержит формулу с помощью функции Spreadsheet Link
MLPutMatrix, который создает переменную MATLAB из данных в электронной таблице. Ячейка J12 содержит формулу с помощью функции Spreadsheet LinkMLEvalString, который запускает Bioinformatics Toolboxclustergramфункция с помощью этих трех переменных, как введено. Для получения дополнительной информации о добавляющих формулах с помощью функций Spreadsheet Link смотрите, Создают Диагональную Матрицу Используя Ячейки Рабочего листа (Spreadsheet Link).
Обратите внимание на то, что ячейка J17 содержит формулу с помощью макро-функционального
Clustergram, который был создан в Визуальном Редакторе Basic®. Выполнение этого макроса делает то же самое как формулы в ячейках J5, J6, J7 и J12. Опционально, просмотритеClustergramмакро-функция путем нажатия на вкладку Developer, и затем нажатия кнопки Visual Basic
. (Если вкладка Developer не находится на ленте Excel, консультируйтесь с Excel Help, чтобы отобразить его.)Для получения дополнительной информации о создании макросов с помощью Visual Basic Editor смотрите, Создают Диагональную Матрицу Используя Макрос VBA (Spreadsheet Link).
Выполните формулу в ячейке J17, чтобы анализировать и визуализировать данные:
Выберите ячейку J17.
Нажмите F2.
Нажмите Enter.
Макро-функциональный
Clustergramзапуски, создающие три переменные MATLAB (data,Genes, иTimeSteps) и отображение окна Clustergram, содержащего древовидные схемы и карту тепла данных.
Редактирование формул, чтобы запустить пример на подмножестве данных
Отредактируйте формулы в ячейках J5 и J6, чтобы анализировать подмножество данных. Сделайте это путем редактирования диапазонов ячеек формул, чтобы включать данные только для первых 30 генов:
Выберите ячейку J5, и затем нажмите F2, чтобы отобразить формулу для редактирования. Измените H617 в H33, и затем нажмите Enter.
Выберите ячейку J6, затем нажмите F2, чтобы отобразить формулу для редактирования. Измените A617 в A33, и затем нажмите Enter.
Запустите формулы в ячейках J5, J6, J7 и J12, чтобы анализировать и визуализировать подмножество данных:
Выберите ячейку J5, нажмите F2, и затем нажмите Enter.
Выберите ячейку J6, нажмите F2, и затем нажмите Enter.
Выберите ячейку J7, нажмите F2, и затем нажмите Enter.
Выберите ячейку J12, нажмите F2, и затем нажмите Enter.
Используя продукт Spreadsheet Link, чтобы Взаимодействовать С Данными в MATLAB
Используйте группу MATLAB на правой стороне вкладки Home, чтобы взаимодействовать с данными:
Например, создайте переменную в MATLAB, содержащем 3 7 матрица данных, отобразите данные на графике в Окне рисунка, и затем добавьте график в свою электронную таблицу:
Перетащите нажатие кнопки, чтобы выбрать ячейки B5 через H7.
От группы MATLAB выберите Send data to MATLAB.
Введите YAGenes для имени переменной, и затем нажмите OK.
Переменная YAGenes добавляется к рабочему пространству MATLAB как 3 7 матрица.
От группы MATLAB выберите Run MATLAB command.
Введите график (YAGenes
') для команды, и затем нажимают OK.Окно рисунка отображает график данных.
Примечание
Убедитесь, что вы используете
'(транспонируйте) символ при отображении данных на графике на этом шаге. Необходимо транспонировать данные вYAGenesтак, чтобы это построило как три гена более чем семь временных интервалов.Выберите ячейку J20, и затем щелкните от группы MATLAB, выберите Get MATLAB figure.
Фигура добавляется к электронной таблице.
