Можно хранить информацию об экспериментальных методах и условиях из эксперимента экспрессии гена микромассивов в объекте MIAME. Это свободно следует за Минимальной информацией Об Эксперименте Микромассивов (MIAME) спецификация. Это может включать информацию о:
Проект эксперимента
Микромассивы используются
Выборки используются
Демонстрационная подготовка и маркировка
Процедуры гибридизации и параметры
Средства управления нормализацией
Предварительная обработка информации
Технические требования обработки данных
Объект MIAME включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают, и информация об эксперименте изменения, связанная с экспериментом микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать информацию. Для списка свойств и методов, см. класс MIAME.
Для полной информации при построении объектов MIAME см. класс MIAME.
Импортируйте bioma.data
пакет так, чтобы MIAME
функция конструктора доступна.
import bioma.data.*
Используйте getgeodata
функционируйте, чтобы возвратить структуру MATLAB®, содержащую Серийные данные Gene Expression Omnibus (GEO), связанные с инвентарным номером GSE4616.
geoStruct = getgeodata('GSE4616') geoStruct = Header: [1x1 struct] Data: [12488x12 bioma.data.DataMatrix]
Используйте MIAME
функция конструктора, чтобы создать объект MIAME из структуры.
MIAMEObj1 = MIAME(geoStruct);
Отобразите информацию об объекте MIAME, MIAMEObj
.
MIAMEObj1 MIAMEObj1 = Experiment Description: Author name: Mika,,Silvennoinen Riikka,,Kivelä Maarit,,Lehti Anna-Maria,,Touvras Jyrki,,Komulainen Veikko,,Vihko Heikki,,Kainulainen Laboratory: LIKES - Research Center Contact information: Mika,,Silvennoinen URL: PubMedIDs: 17003243 Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property. Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property. Other notes: [1x80 char]
Импортируйте bioma.data
пакет так, чтобыMIAME
функция конструктора доступна.
import bioma.data.*
Используйте MIAME
функция конструктора, чтобы создать объект MIAME с помощью отдельных свойств.
MIAMEObj2 = MIAME('investigator', 'Jane Researcher',... 'lab', 'One Bioinformatics Laboratory',... 'contact', 'jresearcher@lab.not.exist',... 'url', 'www.lab.not.exist',... 'title', 'Normal vs. Diseased Experiment',... 'abstract', 'Example of using expression data',... 'other', {'Notes:Created from a text file.'});
Отобразите информацию об объекте MIAME, MIAMEObj2
.
MIAMEObj2 MIAMEObj2 = Experiment Description: Author name: Jane Researcher Laboratory: One Bioinformatics Laboratory Contact information: jresearcher@lab.not.exist URL: www.lab.not.exist PubMedIDs: Abstract: A 4 word abstract is available. Use the Abstract property. No experiment design summary available. Other notes: 'Notes:Created from a text file.'
К свойствам доступа объекта MIAME используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname
Например, чтобы получить идентификатор PubMed публикаций, связанных с объектом MIAME:
MIAMEObj1.PubMedID ans = 17003243
Чтобы установить свойства объекта MIAME, используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname = propertyvalue
Например, чтобы установить Laboratory
свойство объекта MIAME:
MIAMEObj1.Laboratory = 'XYZ Lab'
Примечание
Имена свойства являются чувствительными к регистру. Для списка и описания всех свойств объекта MIAME, см. класс MIAME.
Чтобы использовать методы объекта MIAME, используйте любой из следующих синтаксисов:
objectname.methodname
или
methodname(objectname)
Например, чтобы определить, пуст ли объект MIAME:
MIAMEObj1.isempty ans = 0
Примечание
Для полного списка методов объекта MIAME см. класс MIAME.