Тулбокс включает функции, объекты и методы для создания, хранения и доступа к данным микромассивов.
Функция конструктора Object, DataMatrix, позволяет вам создать объект DataMatrix инкапсулировать данные и метаданные (имена строки и столбца) из эксперимента микромассивов. DataMatrix экспериментальные данные объектно-ориентированной памяти в матрице, со строками, обычно соответствующими названиям генов или тестовым идентификаторам и столбцам, обычно соответствующим демонстрационным идентификаторам. Объект DataMatrix также хранит метаданные, включая названия генов или тестовые идентификаторы (как строка называет), и демонстрационные идентификаторы (как имена столбцов).
Можно сослаться на значения микровыражения с массивами в объекте DataMatrix тем же путем вы справочные данные в массиве MATLAB®, то есть, при помощи линейной или логической индексации. Альтернативно, можно сослаться на это экспериментальные данные геном (зонд) идентификаторы и демонстрационные идентификаторы. Индексация этими идентификаторами позволяет вам быстро и удобно подмножествам доступа данных, не имея необходимость обеспечивать дополнительные массивы индекса.
Много операторов MATLAB и арифметических функций доступны для объектов DataMatrix посредством методов. Эти методы позволяют вам изменить, объединить, сравнить, анализировать, построить, и информация о доступе от объектов DataMatrix. Кроме того, можно легко расширить функциональность при помощи общих поэлементных функций, dmarrayfun и dmbsxfun, и путем ручного доступа к свойствам объекта DataMatrix.
Примечание
Для таблиц, описывающих свойства и методы объекта DataMatrix, смотрите страницу ссылки на объект DataMatrix.
Загрузите MAT-файл, которому предоставляют программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные о дрожжах. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvalues, 614 7 матрица данных об экспрессии гена, genes, массив ячеек инвентарных номеров 614 GenBank® для маркировки строк в yeastvalues, и times, 1 7 вектор из временных стоимостей для маркировки столбцов в yeastvalues.
load filteredyeastdata
Создайте переменные, чтобы содержать подмножество данных, в частности первые пять строк и сначала четыре столбца yeastvalues матрица, genes массив ячеек и times вектор.
yeastvalues = yeastvalues(1:5,1:4); genes = genes(1:5,:); times = times(1:4);
Импортируйте пакет объекта микромассивов так, чтобы DataMatrix функция конструктора будет доступна.
import bioma.data.*
Используйте DataMatrix функция конструктора, чтобы создать маленький объект DataMatrix из данных об экспрессии гена.
dmo = DataMatrix(yeastvalues,genes,times)
dmo =
0 9.5 11.5 13.5
SS DNA -0.131 1.699 -0.026 0.365
YAL003W 0.305 0.146 -0.129 -0.444
YAL012W 0.157 0.175 0.467 -0.379
YAL026C 0.246 0.796 0.384 0.981
YAL034C -0.235 0.487 -0.184 -0.669Вы используете get и set методы, чтобы получить и установить свойства объекта DataMatrix.
Используйте get метод, чтобы отобразить свойства объекта DataMatrix, dmo.
get(dmo)
Name: ''
RowNames: {5x1 cell}
ColNames: {' 0' ' 9.5' '11.5' '13.5'}
NRows: 5
NCols: 4
NDims: 2
ElementClass: 'double'Используйте set метод, чтобы задать имя для объекта DataMatrix, dmo.
dmo = set(dmo,'Name','MyDMObject');
Используйте get метод снова, чтобы отобразить свойства объекта DataMatrix, dmo.
get(dmo)
Name: 'MyDMObject'
RowNames: {5x1 cell}
ColNames: {' 0' ' 9.5' '11.5' '13.5'}
NRows: 5
NCols: 4
NDims: 2
ElementClass: 'double'Примечание
Для описания всех свойств объекта DataMatrix смотрите страницу ссылки на объект DataMatrix.
Объекты DataMatrix поддерживают следующие типы индексации, чтобы извлечь, присвоить, и удалить данные:
Круглая скобка () индексация
Точка. индексация
Используйте индексацию круглой скобки, чтобы извлечь подмножество данных в dmo и присвойте его новому объекту DataMatrix dmo2:
dmo2 = dmo(1:5,2:3)
dmo2 =
9.5 11.5
SS DNA 1.699 -0.026
YAL003W 0.146 -0.129
YAL012W 0.175 0.467
YAL026C 0.796 0.384
YAL034C 0.487 -0.184Используйте индексацию круглой скобки, чтобы извлечь подмножество данных с помощью имен строки и имен столбцов, и присвоить его новому объекту DataMatrix dmo3:
dmo3 = dmo({'SS DNA','YAL012W','YAL034C'},'11.5')
dmo3 =
11.5
SS DNA -0.026
YAL012W 0.467
YAL034C -0.184Примечание
Если вы используете массив ячеек имен строки или имен столбцов, чтобы индексировать в объект DataMatrix, имена должны быть уникальными, даже при том, что имена строки или имена столбцов в объекте DataMatrix не уникальны.
Используйте индексацию круглой скобки, чтобы присвоить новые данные подмножеству элементов в dmo2:
dmo2({'SS DNA', 'YAL003W'}, 1:2) = [1.700 -0.030; 0.150 -0.130]
dmo2 =
9.5 11.5
SS DNA 1.7 -0.03
YAL003W 0.15 -0.13
YAL012W 0.175 0.467
YAL026C 0.796 0.384
YAL034C 0.487 -0.184Используйте индексацию круглой скобки, чтобы удалить подмножество данных в dmo2:
dmo2({'SS DNA', 'YAL003W'}, :) = []
dmo2 =
9.5 11.5
YAL012W 0.175 0.467
YAL026C 0.796 0.384
YAL034C 0.487 -0.184Примечание
В следующих примерах заметьте, что при использовании индексации точки с объектами DataMatrix, вы задаете все строки или все столбцы с помощью двоеточия в одинарных кавычках, (':').
Используйте точечную индексацию, чтобы извлечь данные из 11.5 столбец только dmo:
timeValues = dmo.(':')('11.5')
timeValues =
-0.0260
-0.1290
0.4670
0.3840
-0.1840Используйте точечную индексацию, чтобы присвоить новые данные подмножеству элементов в dmo:
dmo.(1:2)(':') = 7
dmo =
0 9.5 11.5 13.5
SS DNA 7 7 7 7
YAL003W 7 7 7 7
YAL012W 0.157 0.175 0.467 -0.379
YAL026C 0.246 0.796 0.384 0.981
YAL034C -0.235 0.487 -0.184 -0.669Используйте точечную индексацию, чтобы удалить целую переменную от dmo:
dmo.YAL034C = []
dmo =
0 9.5 11.5 13.5
SS DNA 7 7 7 7
YAL003W 7 7 7 7
YAL012W 0.157 0.175 0.467 -0.379
YAL026C 0.246 0.796 0.384 0.981Используйте точечную индексацию, чтобы удалить два столбца из dmo:
dmo.(':')(2:3)=[]
dmo =
0 13.5
SS DNA 7 7
YAL003W 7 7
YAL012W 0.157 -0.379
YAL026C 0.246 0.981