Представление метаданных выборки и функции в объектах MetaData

Обзор объектов MetaData

Можно сохранить или выборку или показать метаданные из эксперимента экспрессии гена микромассивов в объекте MetaData. Метаданные состоят из имен переменных, например, связанный или с выборками или с микрофункциями массива, наряду с описаниями и значениями для переменных.

MetaData объектно-ориентированная память метаданные в двух массивах набора данных:

  • Массив набора данных значений — массив набора данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию. В этом массиве набора данных столбцы соответствуют переменным, и строки соответствуют или выборкам или функциям. Номер и имена столбцов в этом массиве набора данных должны совпадать с номером и именами строк в массиве набора данных Descriptions. Если этот массив набора данных содержит демонстрационные метаданные, то номер и имена строк (выборки) должны совпадать с номером и именами столбцов в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet. Если этот массив набора данных содержит метаданные функции, то номер и имена строк (функции) должны совпадать с номером и именами строк в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet.

  • Массив набора данных Descriptions — массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описания. В этом массиве набора данных каждая строка соответствует переменной. Имена строки являются именами переменных и столбцом, названным VariableDescription, содержит описание переменной. Номер и имена строк в массиве набора данных Descriptions должны совпадать с номером и именами столбцов в массиве набора данных Values.

Следующее иллюстрирует массив набора данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию:

        Gender     Age   Type           Strain             Source    
    A   'Male'     8     'Wild type'    '129S6/SvEvTac'    'amygdala' 
    B   'Male'     8     'Wild type'    '129S6/SvEvTac'    'amygdala' 
    C   'Male'     8     'Wild type'    '129S6/SvEvTac'    'amygdala' 
    D   'Male'     8     'Wild type'    'A/J '             'amygdala' 
    E   'Male'     8     'Wild type'    'A/J '             'amygdala' 
    F   'Male'     8     'Wild type'    'C57BL/6J '        'amygdala'            

Следующее иллюстрирует массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описания:

               VariableDescription
id             'Sample  identifier'
Gender         'Gender of the mouse in study'
Age            'The number of weeks since mouse birth'
Type           'Genetic characters'
Strain         'The mouse strain'
Source         'The tissue source for RNA collection'

Объект MetaData позволяет вам сохранить, справиться, и подмножество метаданные из эксперимента микромассивов. Объект MetaData включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают, и метаданные изменения из эксперимента микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать метаданные. Для списка свойств и методов, смотрите класс MetaData

Построение объектов MetaData

Построение набора данных MetaData Object from Two Массивы

  1. Импортируйте bioma.data пакет так, чтобы MetaData функция конструктора доступна.

    import bioma.data.*
    
  2. Загрузите некоторые выборочные данные, которые включают ирисовые данные Фишера 5 измерений на выборке 150 ирисовых диафрагм.

    load fisheriris
    

  3. Создайте массив набора данных из некоторых ирисовых данных Фишера. Массив набора данных будет содержать 750 измеренных значений, один для каждой из 150 выборок (ирисовая диафрагма реплицирует) в пяти переменных (разновидности, SL, SW, PL, PW). В этом массиве набора данных строки соответствуют выборкам, и столбцы соответствуют переменным.

    irisValues = dataset({nominal(species),'species'}, ...
                         {meas, 'SL', 'SW', 'PL', 'PW'});
  4. Создайте другой массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описания. Этот массив набора данных будет содержать пять строк, каждый соответствующий этим пяти переменным: разновидности, SL, SW, PL и PW. Первый столбец будет содержать имя переменной. Второй столбец будет иметь заголовок столбца VariableDescription и содержите описание переменной.

    % Create 5-by-1 cell array of description text for the variables
    varDesc = {'Iris species', 'Sepal Length', 'Sepal Width', ...
               'Petal Length', 'Petal Width'}';
    % Create the dataset array from the variable descriptions
    irisVarDesc = dataset(varDesc, ...
                  'ObsNames', {'species','SL','SW','PL','PW'}, ...
                  'VarNames', {'VariableDescription'})
    
    irisVarDesc = 
    
                   VariableDescription
        species    'Iris species'     
        SL         'Sepal Length'     
        SW         'Sepal Width'      
        PL         'Petal Length'     
        PW         'Petal Width'  
  5. Создайте объект MetaData из двух массивов набора данных.

    MDObj1 = MetaData(irisValues, irisVarDesc);

Построение объекта MetaData из текстового файла

  1. Импортируйте bioma.dataпакет так, чтобы MetaData функция конструктора доступна.

    import bioma.data.*
    
  2. Просмотрите mouseSampleData.txt файл включен с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™.

    Обратите внимание на то, что этот текстовый файл содержит две таблицы. Одна таблица содержит 130 измеренных значений, один для каждой из 26 выборок (Через Z) в пяти переменных (Пол, Возраст, Тип, Деформация и Источник). В этой таблице строки соответствуют выборкам, и столбцы соответствуют переменным. Второй таблице снабдил линии предисловием # символ. Это содержит пять строк, каждый соответствующий этим пяти переменным: Пол, Возраст, Тип, Деформация и Источник. Первый столбец содержит имя переменной. Второй столбец имеет заголовок столбца VariableDescription и содержит описание переменной.

    # id: Sample  identifier					
    # Gender: Gender of the mouse in study					
    # Age: The number of weeks since mouse birth 					
    # Type: Genetic characters					
    # Strain: The mouse strain					
    # Source: The tissue source for RNA collection					
    ID	Gender	Age	Type	Strain	Source
    A	Male	8	Wild type	129S6/SvEvTac	amygdala
    B	Male	8	Wild type	129S6/SvEvTac	amygdala
    C	Male	8	Wild type	129S6/SvEvTac	amygdala
    D	Male	8	Wild type	A/J 	amygdala
    E	Male	8	Wild type	A/J 	amygdala
    F	Male	8	Wild type	C57BL/6J 	amygdala
    G	Male	8	Wild type	C57BL/6J	amygdala
    H	Male	8	Wild type	129S6/SvEvTac	cingulate cortex
    I	Male	8	Wild type	129S6/SvEvTac	cingulate cortex
    J	Male	8	Wild type	A/J	cingulate cortex
    K	Male	8	Wild type	A/J	cingulate cortex
    L	Male	8	Wild type	A/J	cingulate cortex
    M	Male	8	Wild type	C57BL/6J	cingulate cortex
    N	Male	8	Wild type	C57BL/6J	cingulate cortex
    O	Male	8	Wild type	129S6/SvEvTac	hippocampus
    P	Male	8	Wild type	129S6/SvEvTac	hippocampus
    Q	Male	8	Wild type	A/J	hippocampus
    R	Male	8	Wild type	A/J	hippocampus
    S	Male	8	Wild type	C57BL/6J	hippocampus
    T	Male	8	Wild type	C57BL/6J4	hippocampus
    U	Male	8	Wild type	129S6/SvEvTac	hypothalamus
    V	Male	8	Wild type	129S6/SvEvTac	hypothalamus
    W	Male	8	Wild type	A/J	hypothalamus
    X	Male	8	Wild type	A/J	hypothalamus
    Y	Male	8	Wild type	C57BL/6J	hypothalamus
    Z	Male	8	Wild type	C57BL/6J	hypothalamus
    
  3. Создайте объект MetaData из метаданных в mouseSampleData.txt файл.

    MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#')
    
    Sample Names:
        A, B, ...,Z (26 total)
    Variable Names and Meta Information:
    
                  VariableDescription
        Gender    ' Gender of the mouse in study'             
        Age       ' The number of weeks since mouse birth'    
        Type      ' Genetic characters'                       
        Strain    ' The mouse strain'                         
        Source    ' The tissue source for RNA collection'   

Для полной информации при построении объектов MetaData смотрите класс MetaData.

Используя свойства объекта MetaData

К свойствам доступа объекта MetaData используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname

Например, чтобы определить количество переменных в объекте MetaData:

MDObj2.NVariables

ans =

     5

Чтобы установить свойства объекта MetaData, используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname = propertyvalue

Например, чтобы установить Description свойство объекта MetaData:

MDObj1.Description = 'This is my MetaData object for my sample metadata'

Примечание

Имена свойства являются чувствительными к регистру. Для списка и описания всех свойств объекта MetaData, смотрите класс MetaData.

Используя методы объекта MetaData

Чтобы использовать методы объекта MetaData, используйте любой из следующих синтаксисов:

objectname.methodname

или

methodname(objectname)

Например, чтобы получить доступ к массиву набора данных в объекте MetaData, который содержит значения переменных:

MDObj2.variableValues;

Чтобы получить доступ к массиву набора данных объекта MetaData, который содержит описания переменной:

variableDesc(MDObj2)

ans = 

              VariableDescription
    Gender    ' Gender of the mouse in study'             
    Age       ' The number of weeks since mouse birth'    
    Type      ' Genetic characters'                       
    Strain    ' The mouse strain'                         
    Source    ' The tissue source for RNA collection' 

Примечание

Для полного списка методов объекта MetaData смотрите класс MetaData.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте