Добавьте уникальный суффикс в папку результатов для каждого запуска, чтобы не перезаписывать предыдущие результаты.
Категория параметров конфигурации модели: Polyspace
Значение по умолчанию: Off 
Каждый раз, когда вы повторно выполняете свой анализ, ваши результаты перезаписываются.
Для каждого запуска анализа Polyspace® задает новое местоположение для папки результатов путем добавления уникального номера к имени папки.
Используйте pslinkoptions свойство AddSuffixToResultDir.
pslinkoptions функция позволяет вам создавать объект опций Polyspace, который можно снова использовать для многоуровневых моделей. Можно также использовать set_param (Simulink) функция, чтобы сопоставить это свойство с моделью. Используйте параметр PSAddSuffixToResultDir с тем же значением что касается pslinkoptions свойство AddSuffixToResultDir. См. pslinkoptions Свойства.
pslinkoptions | Свойства pslinkoptions