Выполните скан параметра

В этом примере показано, как выполнить скан параметра путем симуляции модели многократно, каждый раз варьируясь значение параметра.

В модели, описанной в Модели Дрожжей Гетеротримерный Цикл Белка G, уровень деактивации белка G (kGd) намного ниже в деформации мутанта по сравнению с деформацией дикого типа (kGd = 0.004 по сравнению с kGd = 0.11), который объясняет более высокие уровни активированного белка G (Ga) в деформации мутанта. Для подробного взгляда, в как, варьируясь уровень kGd влияет на уровень Ga, выполните скан параметра по различным значениям kGd.

Загрузите gprotein.sbproj проект, который включает переменную m1, объект модели.

sbioloadproject gprotein

Создайте вектор из пяти равномерно расположенных с интервалами значений для kGd в пределах от 0.001 к 0.15.

kGdValues = linspace(1e-3,0.15,5)';

Создайте SimFunction объект, где kGd входной параметр должен отсканировать, и Ga наблюдаемые разновидности. Передайте в пустом массиве [] как последний входной параметр, чтобы обозначить, что нет никаких дозируемых разновидностей.

simfunc = createSimFunction(m1,{'kGd'},{'Ga'},[]);

Симулируйте модель многократно с различными kGd значениями. Установите время остановки на 1 000.

sd = simfunc(kGdValues,1000);

Постройте результаты симуляции, чтобы видеть, как, варьируясь уровень kGd влияет на уровень Ga.

sbioplot(sd);

Смотрите также

createSimFunction | SimFunction object

Похожие темы

• Модель дрожжей гетеротримерный цикл белка G