Считывание данных трассировки из файла SCF
Sample = scfread(File)
[Sample, Probability] = scfread(File)
[Sample, Probability, Comments] = scfread(File)
[A, C, G, T] = scfread (File)
[A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT] = scfread (File)
[A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT, Comments, PkIndex, Base] = scfread (File)
File | Символьный вектор или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла в формате SCF. |
scfread считывает данные из файла в формате SCF в структуры MATLAB ®.
Sample = scfread(File)Sample, который содержит следующие поля:
| Область | Описание |
|---|---|
A | Вектор-колонка, содержащий интенсивность метки флуоресценции А |
C | Вектор-колонка, содержащий интенсивность метки флуоресценции C |
G | Вектор-колонка, содержащий интенсивность метки флуоресценции G |
T | Вектор-колонка, содержащий интенсивность метки Т-флуоресценции |
[ также возвращает данные вероятности в структуре Sample, Probability] = scfread(File)Probability, который содержит следующие поля:
| Область | Описание |
|---|---|
peak_index | Вектор столбца, содержащий позицию в файле SCF для начала данных для каждого пика |
prob_A | Вектор столбца, содержащий вероятность того, что каждое основание в последовательности является A |
prob_C | Вектор столбца, содержащий вероятность того, что каждое основание в последовательности является C |
prob_G | Вектор столбца, содержащий вероятность того, что каждое основание в последовательности является G |
prob_T | Вектор столбца, содержащий вероятность того, что каждое основание в последовательности является T |
base | Вектор столбца, содержащий вызываемые основания для последовательности |
[ также возвращает информацию комментария из SCF-файла в символьном массиве Sample, Probability, Comments] = scfread(File)Comments.
[ возвращает данные выборки для четырех баз в отдельных переменных.A, C, G, T] = scfread (File)
[ также возвращает данные вероятностей для четырех баз в отдельных переменных.A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT] = scfread (File)
[ также возвращает пиковые индексы и вызываемые базы в отдельных переменных.A, C, G, T, ProbA, ProbC, ProbG, ProbT, Comments, PkIndex, Base] = scfread (File)
Файлы SCF хранят данные из инструментов секвенирования ДНК. Каждый файл включает в себя образцы данных, информацию о последовательности и относительные вероятности каждого из четырех оснований.
[sampleStruct, probStruct, Comments] = scfread('sample.scf')
sampleStruct =
A: [10827x1 double]
C: [10827x1 double]
G: [10827x1 double]
T: [10827x1 double]
probStruct =
peak_index: [742x1 double]
prob_A: [742x1 double]
prob_C: [742x1 double]
prob_G: [742x1 double]
prob_T: [742x1 double]
base: [742x1 char]
Comments =
SIGN=A=121,C=103,G=119,T=82
SPAC= 16.25
PRIM=0
MACH=Arkansas_SN312
DYEP=DT3700POP5{BD}v2.mob
NAME=HCIUP1D61207
LANE=6
GELN=
PROC=
RTRK=
CONV=phred version=0.990722.h
COMM=
SRCE=ABI 373A or 377