Добавьте уникальный суффикс в папку результатов для каждого прогона, чтобы избежать перезаписи предыдущих результатов.
Категория параметров конфигурации модели: Polyspace
По умолчанию: Откл. 
Каждый раз при повторном выполнении анализа результаты перезаписываются.
Для каждого выполнения анализа Polyspace ® указывает новое расположение папки результатов, добавляя уникальный номер к имени папки.
Используйте pslinkoptions собственность AddSuffixToResultDir.
pslinkoptions функция позволяет создать объект опций Polyspace, который можно повторно использовать для нескольких моделей. Вы также можете использовать set_param (Simulink), чтобы связать это свойство с моделью. Использовать параметр PSAddSuffixToResultDir с тем же значением, что и для pslinkoptions собственность AddSuffixToResultDir. См. раздел Свойства pslinkoptions.
pslinkoptions | Свойства pslinkoptions