Определите требования к хранению переменной длины
size = H5D.vlen_get_buf_size(dataset_id,type_id,space_id)
size = H5D.vlen_get_buf_size(dataset_id,type_id,space_id) определяет количество байтов, необходимых для хранения данных VL из набора данных, используя space_id для выбора в наборе данных на диске и type_id для представления памяти данных VL в памяти.