Установите смещение бита первого значимого бита
H5T.set_offset(type_id,offset)
H5T.set_offset(type_id,offset) устанавливает смещение бита первого значимого бита. type_id - идентификатор типа данных. offset задает количество бит заполнения.
type_id = H5T.copy('H5T_NATIVE_INT');
H5T.set_offset(type_id,16);