RegressionPartitionedGAM
Перекрестная проверенная обобщенная аддитивная модель (GAM) для регрессии
Описание
RegressionPartitionedGAM - набор обобщенных аддитивных моделей, обученных на перекрестно проверенных складках. Оцените качество перекрестно проверенной регрессии с помощью одной или нескольких функций kfold: kfoldPredict, kfoldLoss, и kfoldfun.
Каждая функция объекта kfold использует модели, обученные на обучающих-складных (in-fold) наблюдениях, чтобы предсказать ответ для наблюдений валидации-складки (out-of-fold). Например, предположим, что вы перекрестно проверяете с помощью пяти складок. Программа случайным образом присваивает каждое наблюдение пяти группам равного размера (примерно). training fold содержит четыре группы (примерно 4/5 данных), а validation fold - другую группу (примерно 1/5 данных). В этом случае перекрестная валидация выполняется следующим образом:
Программное обеспечение обучает первую модель (хранится в
CVMdl.Trained{1}) при помощи наблюдений в последних четырех группах и резервирует наблюдения в первой группе для валидации.Программное обеспечение обучает вторую модель (хранится в
CVMdl.Trained{2}) при помощи наблюдений в первой группе и последних трех группах. Программа резервирует наблюдения во второй группе для валидации.Программа работает аналогичным образом для третьей, четвертой и пятой моделей.
Если вы проверяете при помощи kfoldPredictпрограмма вычисляет предсказания для наблюдений в групповых i с помощью i-й модели. Короче говоря, программное обеспечение оценивает ответ для каждого наблюдения с помощью модели, обученной без этого наблюдения.
Создание
Можно создать RegressionPartitionedGAM моделировать двумя способами:
Создайте перекрестно проверенную модель из объекта GAM
RegressionGAMпри помощиcrossvalфункция объекта.Создайте перекрестно проверенную модель с помощью
fitrgamфункция и задание одного из аргументов имя-значение'CrossVal','CVPartition','Holdout','KFold', или'Leaveout'.
Свойства
Функции объекта
kfoldPredict | Прогнозируйте ответы на наблюдения в перекрестно проверенной регрессионой модели |
kfoldLoss | Потеря для перекрестно проверенной секционированной регрессионой модели |
kfoldfun | Перекрестная проверка функции для регрессии |
Примеры
Создайте сетевую память с перекрестной проверкой с помощью fitrgam
Обучите GAM с перекрестной проверкой с 10 складками, что является опцией перекрестной валидации по умолчанию, при помощи fitrgam. Затем используйте kfoldPredict предсказать ответы на наблюдения с сворачиванием с использованием модели, обученной на наблюдениях с сворачиванием.
Загрузите carbig набор данных, содержащий измерения автомобилей 1970-х и начала 1980-х годов.
load carbigСоздайте таблицу, которая содержит переменные предиктора (Acceleration, Displacement, Horsepower, и Weight) и переменной отклика (MPG).
tbl = table(Acceleration,Displacement,Horsepower,Weight,MPG);
Создайте перекрестную проверку GAM с помощью опции перекрестной проверки по умолчанию. Задайте 'CrossVal' аргумент имя-значение как 'on'.
rng('default') % For reproducibility CVMdl = fitrgam(tbl,'MPG','CrossVal','on')
CVMdl =
RegressionPartitionedGAM
CrossValidatedModel: 'GAM'
PredictorNames: {1x4 cell}
ResponseName: 'MPG'
NumObservations: 398
KFold: 10
Partition: [1x1 cvpartition]
NumTrainedPerFold: [1x1 struct]
ResponseTransform: 'none'
Properties, Methods
The fitrgam функция создает RegressionPartitionedGAM объект модели CVMdl с 10 складками. Во время перекрестной проверки программное обеспечение завершает следующие шаги:
Случайным образом разбейте данные на 10 наборов.
Для каждого набора зарезервируйте набор как данные валидации и обучите модель, используя другие 9 наборов.
Сохраните 10 компактных обученных моделей a в векторе камеры 10 на 1 в
Trainedсвойство перекрестно проверенного объекта моделиRegressionPartitionedGAM.
Вы можете переопределить настройку перекрестной проверки по умолчанию с помощью 'CVPartition', 'Holdout', 'KFold', или 'Leaveout' аргумент имя-значение.
Спрогнозируйте ответы на наблюдения в tbl при помощи kfoldPredict. Функция предсказывает ответы для каждого наблюдения, используя модель, обученную без этого наблюдения.
yHat = kfoldPredict(CVMdl);
yHat является числовым вектором. Отображение первых пяти предсказанных ответов.
yHat(1:5)
ans = 5×1
19.4848
15.7203
15.5742
15.3185
17.8223
Вычислите потери регрессии (средняя квадратичная невязка).
L = kfoldLoss(CVMdl)
L = 17.7248
kfoldLoss возвращает среднюю квадратичную невязку за 10 складок.
Создайте сетевую память регрессии с перекрестной проверкой с помощью crossval
Обучите регрессионную обобщенную аддитивную модель (GAM) при помощи fitrgam, и создать перекрестную проверенную GAM с помощью crossval и опция удержания. Затем используйте kfoldPredict предсказать ответы на наблюдения с сворачиванием с использованием модели, обученной на наблюдениях с сворачиванием.
Загрузите patients набор данных.
load patientsСоздайте таблицу, которая содержит переменные предиктора (Age, Diastolic, Smoker, Weight, Gender, SelfAssessedHealthStatus) и переменной отклика (Systolic).
tbl = table(Age,Diastolic,Smoker,Weight,Gender,SelfAssessedHealthStatus,Systolic);
Обучите GAM, который содержит линейные условия для предикторов.
Mdl = fitrgam(tbl,'Systolic');Mdl является RegressionGAM объект модели.
Перекрестная валидация модели путем определения 30% -ной выборки удержания.
rng('default') % For reproducibility CVMdl = crossval(Mdl,'Holdout',0.3)
CVMdl =
RegressionPartitionedGAM
CrossValidatedModel: 'GAM'
PredictorNames: {1x6 cell}
CategoricalPredictors: [3 5 6]
ResponseName: 'Systolic'
NumObservations: 100
KFold: 1
Partition: [1x1 cvpartition]
NumTrainedPerFold: [1x1 struct]
ResponseTransform: 'none'
Properties, Methods
The crossval функция создает RegressionPartitionedGAM объект модели CVMdl с опцией holdout. Во время перекрестной проверки программное обеспечение завершает следующие шаги:
Случайным образом выберите и зарезервируйте 30% данных в качестве данных валидации и обучите модель с использованием остальных данных.
Сохраните компактную, обученную модель в
Trainedсвойство перекрестно проверенного объекта моделиRegressionPartitionedGAM.
Вы можете выбрать другую настройку перекрестной проверки с помощью 'CrossVal', 'CVPartition', 'KFold', или 'Leaveout' аргумент имя-значение.
Спрогнозируйте ответы на наблюдения с сворачиванием при помощи kfoldPredict. Функция предсказывает ответы на наблюдения с сворачиванием при помощи модели, обученной на наблюдениях с сворачиванием. Функция присваивает NaN к обучающим-кратным наблюдениям.
yFit = kfoldPredict(CVMdl);
Найдите индексы наблюдения с сворачиванием и составьте таблицу, содержащую индекс наблюдения, наблюдаемые значения отклика и предсказанные значения отклика. Отображение первых восьми строк таблицы.
idx = find(~isnan(yFit)); t = table(idx,tbl.Systolic(idx),yFit(idx), ... 'VariableNames',{'Obseraction Index','Observed Value','Predicted Value'}); head(t)
ans=8×3 table
Obseraction Index Observed Value Predicted Value
_________________ ______________ _______________
1 124 130.22
6 121 124.38
7 130 125.26
12 115 117.05
20 125 121.82
22 123 116.99
23 114 107
24 128 122.52
Вычислите регрессионную ошибку (среднюю квадратичную невязку) для наблюдений с разбиением на валидации.
L = kfoldLoss(CVMdl)
L = 43.8715
Нахождение оптимального количества деревьев для GAM с использованием kfoldLoss
Обучите перекрестно проверенную обобщенную аддитивную модель (GAM) с 10 складками. Затем используйте kfoldLoss вычислить совокупные потери регрессии перекрестной валидации (средние квадратичные невязки). Используйте ошибки, чтобы определить оптимальное количество деревьев на предиктор (линейный термин для предиктора) и оптимальное количество деревьев на член взаимодействия.
Также можно найти оптимальные значения fitrgam аргументы имя-значение при помощи bayesopt функция. Для получения примера смотрите Оптимизацию Перекрестно Проверенной GAM Используя bayesopt.
Загрузите patients набор данных.
load patientsСоздайте таблицу, которая содержит переменные предиктора (Age, Diastolic, Smoker, Weight, Gender, и SelfAssessedHealthStatus) и переменной отклика (Systolic).
tbl = table(Age,Diastolic,Smoker,Weight,Gender,SelfAssessedHealthStatus,Systolic);
Создайте перекрестную проверку GAM с помощью опции перекрестной проверки по умолчанию. Задайте 'CrossVal' аргумент имя-значение как 'on'. Кроме того, укажите, чтобы включить 5 членов взаимодействия.
rng('default') % For reproducibility CVMdl = fitrgam(tbl,'Systolic','CrossVal','on','Interactions',5);
Если вы задаете 'Mode' как 'cumulative' для kfoldLoss, затем функция возвращает совокупные ошибки, которые являются средними ошибками для всех складок, полученных с использованием одинакового количества деревьев для каждой складки. Отображение количества деревьев для каждой складки.
CVMdl.NumTrainedPerFold
ans = struct with fields:
PredictorTrees: [300 300 300 300 300 300 300 300 300 300]
InteractionTrees: [76 100 100 100 100 42 100 100 59 100]
kfoldLoss может вычислить совокупные ошибки, используя до 300 деревьев предикторов и 42 дерева взаимодействия.
Постройте график кумулятивных 10-кратных перекрестных средних квадратичных невязок. Задайте 'IncludeInteractions' как false исключить условия взаимодействия из расчетов.
L_noInteractions = kfoldLoss(CVMdl,'Mode','cumulative','IncludeInteractions',false); figure plot(0:min(CVMdl.NumTrainedPerFold.PredictorTrees),L_noInteractions)
Первый элемент L_noInteractions - средняя ошибка по всем складкам, полученная с использованием только термина точка пересечения (константа). The (J+1) первый элемент L_noInteractions - средняя ошибка, полученная с помощью термина точки пересечения и первого J деревья предикторов на линейный член. Построение графика совокупных потерь позволяет вам контролировать, как изменяется ошибка, когда количество деревьев предикторов в GAM увеличивается.
Найдите минимальную ошибку и количество деревьев предикторов, используемых для достижения минимальной ошибки.
[M,I] = min(L_noInteractions)
M = 28.0506
I = 6
GAM достигает минимальной ошибки, когда включает 5 деревьев предикторов.
Вычислите совокупную среднюю квадратичную невязку, используя как линейные условия, так и условия взаимодействия.
L = kfoldLoss(CVMdl,'Mode','cumulative'); figure plot(0:min(CVMdl.NumTrainedPerFold.InteractionTrees),L)
Первый элемент L - средняя ошибка по всем складкам, полученная с помощью термина точка пересечения (константа) и всех деревьев предикторов на линейный термин. The (J+1) первый элемент L - средняя ошибка, полученная с помощью термина точки пересечения, всех деревьев предикторов на линейный термин и первого J деревья взаимодействия на срок взаимодействия. График показывает, что ошибка увеличивается, когда добавляются условия взаимодействия.
Если вас устраивает ошибка, когда количество деревьев предикторов составляет 5, можно создать прогнозирующую модель, снова обучив одномерную GAM и задав 'NumTreesPerPredictor',5 без перекрестной проверки.