featureview

Чертите линейную или круговую карту функций от структуры GenBank

Синтаксис

featureview(GBStructure) featureview(GBStructure, FeatList) featureview(GBStructure, FeatList, Levels) featureview(GBStructure, Levels) [Handles, OutFeatList] = featureview(...) featureview(..., 'FontSize', FontSizeValue, ...) featureview(..., 'ColorMap', ColorMapValue, ...) featureview(..., 'Qualifiers', QualifiersValue, ...) featureview(..., 'ShowPositions', ShowPositionsValue, ...)

Аргументы

`GBStructure`	GenBank^® структура, обычно созданное использование `getgenbank` или `genbankread` функция.
`FeatList`	Вектор строки или массив ячеек из символьных векторов, задающий имена функции (из списка всех функций в структуре GenBank), чтобы включать в или исключить из карты. Если `FeatList` вектор строки или массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена функции, эти функции сопоставлены. Любые функции в `FeatList` не найденный в структуре GenBank проигнорированы. Если `FeatList` включает `'-'` как первый элемент в массиве ячеек или векторе строки, затем не сопоставлены остающиеся строки (функции). По умолчанию, `FeatList` список всех функций в структуре GenBank.
`Levels`	Вектор из `N` целые числа, где `N` количество функций. Каждое целое число представляет уровень в карте для соответствующей функции. Например, если `Levels`= [1, 1, 2, 3, 3] , первые две функции появились бы на уровне 1, третьей функции на уровне 2 и четвертых и пятых функциях на уровне 3. По умолчанию, `Levels` = `[1:N]`.
`FontSizeValue`	Скаляр, который устанавливает размер шрифта (точки) для аннотаций функций. Значением по умолчанию является `9`.
`ColorMapValue`	Матрица с тремя столбцами, чтобы задать список цветов, чтобы использовать для каждой функции. Эта матрица заменяет матрицу по умолчанию, которая задает следующие цвета и порядок: синий, зеленый, красный, голубой, пурпурный, желтый, коричневый, светло-зеленый, оранжевый, фиолетовый, золотой, и серебряный. В матрице каждая строка соответствует цвету, и каждый столбец задает красную, зеленую, и синюю интенсивность соответственно. Допустимыми значениями для интенсивности RGB является `0.0` к `1.0`.
`QualifiersValue`	Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, чтобы задать упорядоченный список спецификаторов, чтобы искать в структуре и использовании в качестве аннотаций. Для каждой функции первый спецификатор соответствия, найденный из списка, используется для своей аннотации. Если функция не включает ни одного из спецификаторов, никаких отображений аннотации для той функции. По умолчанию, `QualifiersValue = {'gene', 'product', 'locus_tag', 'note', 'db_xref', 'protein_id'}`. Обеспечьте свой собственный `QualifiersValue` ограничить или расширить список спецификаторов или изменить поисковый порядок. Совет Установите `QualifiersValue = {}` создать карту без аннотаций. Совет Чтобы определить все спецификаторы, доступные для данной функции, сделайте любое из следующего: Создайте карту, и затем кликните по функции или ее аннотации, чтобы перечислить все спецификаторы для той функции. Используйте `featureparse` команда, чтобы проанализировать все функции в новую структуру, и затем использовать `fieldnames` команда, чтобы перечислить спецификаторы для определенной функции.
`ShowPositionsValue`	Свойство добавить положение последовательности в аннотацию помечает для каждой функции. Введите `true` добавить положение последовательности. Значением по умолчанию является `false`.

Описание

featureview(GBStructure) создает линейную или круговую карту всех функций от структуры GenBank, обычно созданное использование getgenbank или genbankread функция.

featureview(GBStructure, FeatList) создает линейную или круговую карту подмножества функций от структуры GenBank. FeatList позволяет вам задать функции (из списка всех функций в структуре GenBank), чтобы включать в или исключить из карты.

Если FeatList массив ячеек функций, эти функции сопоставлены. Любые функции в FeatList не найденный в структуре GenBank проигнорированы.
Если FeatList включает '-' как первая строка в массиве ячеек, затем не сопоставлены остающиеся строки (функции).

По умолчанию, FeatList список всех функций в структуре GenBank.

featureview(GBStructure, FeatList, Levels) или featureview(GBStructure, Levels) указывает, какой уровень на карте каждая функция чертится. Уровень 1 является крайним левым (линейная карта) или самый внутренний (круговая карта) уровень и уровень N самое правое (линейная карта) или наиболее удаленный (круговая карта) уровень, где N количество функций.

Levels вектор из N целые числа, где N количество функций. Каждое целое число представляет уровень в карте для соответствующей функции. Например, если Levels= [1, 1, 2, 3, 3] , первые две функции появились бы на уровне 1, третьей функции на уровне 2 и четвертых и пятых функциях на уровне 3. По умолчанию, Levels = [1:N].

[Handles, OutFeatList] = featureview(...) возвращает список указателей для каждой функции в OutFeatList. Это также возвращает OutFeatList, который является массивом ячеек сопоставленных функций.

Совет

Используйте Handles и OutFeatList с legend команда, чтобы создать легенду функций.

featureview (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) задает дополнительные свойства, которые используют имя свойства / пары значения в любом порядке. Это имя свойства / пары значения следующие:

featureview(..., 'FontSize', FontSizeValue, ...) устанавливает размер шрифта (точки) для аннотаций функций. FontSizeValue по умолчанию 9.

featureview(..., 'ColorMap', ColorMapValue, ...) задает список цветов, чтобы использовать для каждой функции. Эта матрица заменяет матрицу по умолчанию, которая задает следующие цвета и порядок: синий, зеленый, красный, голубой, пурпурный, желтый, коричневый, светло-зеленый, оранжевый, фиолетовый, золотой, и серебряный. ColorMapValue матрица с тремя столбцами, где каждая строка соответствует цвету, и каждый столбец задает красную, зеленую, и синюю интенсивность соответственно. Допустимыми значениями для интенсивности RGB является 0.0 к 1.0.

featureview(..., 'Qualifiers', QualifiersValue, ...) позволяет вам задать упорядоченный список спецификаторов, чтобы искать и использовать в качестве аннотаций. Для каждой функции первый спецификатор соответствия, найденный из списка, используется для своей аннотации. Если функция не включает ни одного из спецификаторов, никаких отображений аннотации для той функции. QualifiersValue вектор строки или массив ячеек из символьных векторов. По умолчанию, QualifiersValue = {'gene', 'product', 'locus_tag', 'note', 'db_xref', 'protein_id'}. Обеспечьте свой собственный QualifiersValue ограничить или расширить список спецификаторов или изменить поисковый порядок.

Совет

Установите QualifiersValue = {} создать карту без аннотаций.

Совет

Чтобы определить все спецификаторы, доступные для данной функции, сделайте любое из следующего:

Создайте карту, и затем кликните по функции или ее аннотации, чтобы перечислить все спецификаторы для той функции.
Используйте featureparse команда, чтобы проанализировать все функции в новую структуру, и затем использовать fieldnames команда, чтобы перечислить спецификаторы для определенной функции.

featureview(..., 'ShowPositions', ShowPositionsValue, ...) позволяет вам добавить положение последовательности в метку аннотации. Если ShowPositionsValue true, положения последовательности добавляются к меткам аннотации. Значением по умолчанию является false.

После создания карты:

Кликните по функции или аннотации, чтобы отобразить список всех спецификаторов для той функции.
Масштабируйте график путем нажатия следующих кнопок:
или

Примеры

Пример 12. Создание круговой карты с легендой

Следующий пример создает круговую карту пяти различных функций, сопоставленных на трех уровнях. Это также использует выходные параметры от featureview функционируйте как входные параметры к legend функция, чтобы добавить легенду в карту.

GBStructure = getgenbank('J01415');
[Handles, OutFeatList] = featureview(GBStructure, ...
     {'CDS','D_loop','mRNA','tRNA','rRNA'}, [1 2 2 2 3])
legend(Handles, OutFeatList, 'interpreter', 'none', ...
     'location','bestoutside')
title('Human Mitochondrion, Complete Genome')

Пример 13. Создание линейной карты с метками положения последовательности и измененным размером шрифта

Следующий пример создает линейную карту, показывающую только генную функцию. Это изменяет шрифт меток к семи точкам и включает положение последовательности в метки.

herpes = getgenbank('NC_001348');
featureview(herpes,{'gene'},'fontsize',7,'showpositions',true)
title('Genes in Human herpesvirus 3 (strain Dumas)')

Пример 14. Определение спецификаторов для определенной функции

Следующий пример использует getgenbank функция, чтобы создать структуру GenBank, GBStructure. Это затем использует featureparse функционируйте, чтобы проанализировать функции в структуре GenBank в новую структуру, features. Это затем использует fieldnames функционируйте, чтобы возвратить все спецификаторы для одной из функций, D_loop.

GenBankStructure = getgenbank('J01415');
features = featureparse (GenBankStructure)
features = 

         source: [1x1 struct]
         D_loop: [1x2 struct]
     rep_origin: [1x3 struct]
    repeat_unit: [1x4 struct]
    misc_signal: [1x1 struct]
       misc_RNA: [1x1 struct]
      variation: [1x17 struct]
           tRNA: [1x22 struct]
           rRNA: [1x2 struct]
           mRNA: [1x10 struct]
            CDS: [1x13 struct]
       conflict: [1x1 struct]

fieldnames(features.D_loop)

ans = 

    'Location'
    'Indices'
    'note'
    'citation'

Представленный в R2006b

Документация

featureview

Синтаксис

Аргументы

Описание

Примеры

Смотрите также

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка