hmmprofalign

Выровняйте последовательность запроса, чтобы профилировать использующее скрытое выравнивание модели Маркова

Синтаксис

Score = hmmprofalign(Model, Seq)
[Score, Alignment] = hmmprofalign(Model, Seq)
[Score, Alignment, Pointer] = hmmprofalign(Model, Seq)
hmmprofalign(..., 'ShowScore', ShowScoreValue, ...)
hmmprofalign(..., 'Flanks', FlanksValue, ...)
hmmprofalign(..., 'ScoreFlanks', ScoreFlanksValue, ...)
hmmprofalign(..., 'ScoreNullTransitions', ScoreNullTransitionsValue, ...)

Аргументы

Model

Скрытая модель Маркова создается с функцией hmmprofstruct.

Seq

Аминокислота или последовательность нуклеотида. Можно также ввести структуру с полем Sequence.

ShowScoreValue

Управляет отображением пробела выигрыша и пути к победе. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

FlanksValue

Средства управления включение символов, сгенерированных FLANKING, ВСТАВЛЯЮТ состояния в выходную последовательность. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

ScoreFlanksValueУправляет включением вероятностей перехода для фланговых состояний в необработанном счете. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
ScoreNullTransitionsValueУправляет корректировкой необработанного счета с помощью пустой модели для переходов (Model.NullX). Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Описание

Score = hmmprofalign(Model, Seq) возвращает счет к оптимальному выравниванию аминокислоты запроса или последовательности нуклеотида (Seq) к профилю скрытая модель Маркова (Model). Баллы вычисляются с помощью нечетных журналом отношений для вероятностей эмиссии и регистрируют вероятности для изменений состояния.

[Score, Alignment] = hmmprofalign(Model, Seq) также возвращает вектор символов, показывающий оптимальное выравнивание профиля.

Прописные буквы и тире соответствуют СООТВЕТСТВИЮ, и состояния DELETE соответственно (объединенное количество равно количеству состояний в модели). Строчные буквы испускаются ВСТАВКА состояниями. Для получения дополнительной информации о профиле HMM, смотрите hmmprofstruct.

[Score, Alignment, Pointer] = hmmprofalign(Model, Seq) также возвращает вектор из той же длины как модель профиля с индексами, указывающими на соответствующие символы последовательности запроса. Нулевые указатели (NaN) подразумевайте, что такие состояния не испускали символ в выровненной последовательности, потому что они представляют модель, спрыгивает с состояния BEGIN состояния СООТВЕТСТВИЯ, модель спрыгивает от состояния СООТВЕТСТВИЯ, в конец утверждают, или потому что выравнивание прошло через состояния DELETE.

hmmprofalign (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы hmmprofalign с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

hmmprofalign(..., 'ShowScore', ShowScoreValue, ...), когда ShowScoreValue true, отображает пробел выигрыша и путь к победе.

hmmprofalign(..., 'Flanks', FlanksValue, ...), когда FlanksValue true, включает символы, сгенерированные FLANKING, ВСТАВЛЯЮТ состояния в выходную последовательность.

hmmprofalign(..., 'ScoreFlanks', ScoreFlanksValue, ...), когда ScoreFlanksValue true, включает вероятности перехода для фланговых состояний в необработанном счете.

hmmprofalign(..., 'ScoreNullTransitions', ScoreNullTransitionsValue, ...), когда ScoreNullTransitionsValue true, настраивает необработанный счет с помощью пустой модели для переходов (Model.NullX).

Примечание

Несколько предназначаются для выравнивания, не поддерживается в этой реализации. Весь Model.LoopX вероятности проигнорированы.

Примеры

свернуть все

В этом примере показано, как выровнять последовательность запроса к профилю модели HMM с помощью выравнивания модели HMM.

Загрузите структуру профиля HMM 7 трансмембранных приемников (Семейство секретинов).

load('hmm_model_examples','model_7tm_2');

Загрузите последовательность в качестве примера и выровняйте ее к структуре профиля с помощью выравнивания HMM.

load('hmm_model_examples','sequences');
humanSeq = sequences(1).Sequence;
[a,s]=hmmprofalign(model_7tm_2,humanSeq,'showscore',true)

Figure contains an axes object. The axes object with title log-odds score for best path contains 2 objects of type image, line.

a = 483.7231
s = 
'YILVKAIYTLGYSVS-LMSLATGSIILCLFRKLHCTRNYIHLNLFLSFILRAISVLVKDDVLYSSSgtlhcpdqpsswvgCKLSLVFLQYCIMANFFWLLVEGLYLHTLL-VA---MLPPRRCFLAYLLIGWGLPTVCIGAWTAAR------------LYLEDTGC-WDTN-DHSVPWWVIRIPILISIIVNFVLFISIIRILLQKLT----SPDVGGNDQSQYKRLAKSTLLLIPLFGVHYMVFAVFPIS----ISSKYQILFELCLGSFQGLVVAVLYCFLNSEV'
Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте