ntdensity

Постройте плотность нуклеотидов вдоль последовательности

Синтаксис

ntdensity(SeqNT)
Density = ntdensity(SeqNT)
... = ntdensity(..., 'Window', WindowValue, ...)
[Density, HighCG] = ntdensity(..., 'CGThreshold', CGThresholdValue, ...)

Аргументы

SeqNT

Одно из следующего:

Примечание

Несмотря на то, что можно представить последовательность с нуклеотидами кроме ACG, и T, ntdensity графики только ACG, и T.

WindowValue

Значение, которое задает длину окна для вычисления плотности. Значением по умолчанию является длина (SeqNT)/20.

CGThresholdValue

Управляет возвратом индексов для областей где CG содержимое SeqNT больше CGThresholdValue. Значением по умолчанию является 5.

Описание

ntdensity(SeqNT) строит плотность нуклеотидов ACG, и T в последовательности SeqNT.

Density = ntdensity(SeqNT) возвращает структуру MATLAB с плотностью нуклеотидов ACG, и T.

... = ntdensity (SeqNTPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы ntdensity с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = ntdensity(..., 'Window', WindowValue, ...) использует окно длины WindowValue для вычисления плотности. WindowValue по умолчанию длина (SeqNT)/20.

[Density, HighCG] = ntdensity(..., 'CGThreshold', CGThresholdValue, ...) возвращает индексы для областей где CG содержимое SeqNT больше CGThresholdValue. CGThresholdValue по умолчанию 5.

Примеры

  1. Создайте случайный вектор символов, чтобы представлять последовательность нуклеотида.

    s = randseq(1000, 'alphabet', 'dna');
  2. Постройте плотность нуклеотидов вдоль последовательности.

    ntdensity(s)

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте