pam

Возвратите матрицу оценок закрепившейся точечной мутации (PAM)

Синтаксис

ScoringMatrix = pam(N)
[ScoringMatrix, MatrixInfo] = pam(N)
... = pam(N, ...'Extended', ExtendedValue, ...)
... = pam(N, ...'Order', OrderValue, ...)

Аргументы

N

Целое число, задающее матрицу выигрыша PAM, чтобы возвратиться. Выбором является 10:10:500.

Совет

Ввод большего значения для N допускает выравнивания последовательности с большими эволюционными расстояниями.

ExtendedValue

Управляет возвратом неоднозначных символов (BZ, и X), и стоповый символ (*), в дополнение к 20 стандартные символы аминокислоты. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

OrderValue

Вектор символов или строка, которая управляет порядком аминокислот в матрице выигрыша. Выбором является вектор символов или строка, по крайней мере, с 20 стандартные аминокислоты. Порядком по умолчанию выхода является A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *. Если OrderValue не содержит символы BZX, и *, затем эти символы не возвращены.

Описание

ScoringMatrix = pam(N) возвращает PAMN выигрыш матрицы для последовательностей аминокислот.

[ScoringMatrix, MatrixInfo] = pam(N) возвращает структуру с информацией о матрице PAM. Полями в структуре является Nameшкала, Entropy, Expected, и Order.

... = pam (NPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы pam с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = pam(N, ...'Extended', ExtendedValue, ...) управляет возвратом неоднозначных символов (BZ, и X), и стоповый символ (*), в дополнение к 20 стандартные символы аминокислоты. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

... = pam(N, ...'Order', OrderValue, ...) управляет порядком аминокислот в возвращенной матрице выигрыша. Выбором является вектор символов или строка, по крайней мере, с 20 стандартные аминокислоты. Упорядоченным расположением по умолчанию выхода является A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *. Если OrderValue не содержит расширенные символы BZX, и *, затем эти символы не возвращены.

Матрица замены PAM50 в 1/2 битные модули, Ожидаемый счет = -3.70, Энтропия = 2.00 биты, Самый Низкий счет = -13, Самый высокий счет = 13.

Матрица замены PAM250 в 1/3 битные модули, Ожидаемый счет = -0.844, Энтропия = 0.354 биты, Самый Низкий счет = -8, Самый высокий счет = 17.

Примеры

Возвратите матрицу PAM50.

PAM50 = pam(50)

Возвратите матрицу PAM250 и задайте порядок аминокислот в матрице.

PAM250 = pam(250,'Order','CSTPAGNDEQHRKMILVFYW')

Смотрите также

| | | | | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте