Наложите 3-D структуры двух белков
pdbsuperpose(PDB1, PDB2)
Dist = pdbsuperpose(PDB1, PDB2)
[Dist, RMSD]
= pdbsuperpose(PDB1, PDB2)
[Dist, RMSD, Transf]
= pdbsuperpose(PDB1, PDB2)
[Dist, RMSD, Transf, PBD2TX]
= pdbsuperpose(PDB1, PDB2)
... = pdbsuperpose(...,
'ModelNum', ModelNumValue, ...)
... = pdbsuperpose(...,
'Scale', ScaleValue, ...)
... = pdbsuperpose(...,
'Translate', TranslateValue, ...)
... = pdbsuperpose(...,
'Reflection', ReflectionValue, ...)
... = pdbsuperpose(...,
'SeqAlign', SeqAlignValue, ...)
... = pdbsuperpose(...,
'Segment', SegmentValue, ...)
... = pdbsuperpose(...,
'Apply', ApplyValue, ...)
... = pdbsuperpose(...,
'Display', DisplayValue, ...)
PDB1, PDB2 | Структуры белка, представленные любым следующим:
|
ModelNumValue | Двухэлементный числовой массив, элементы которого соответствуют моделям в |
ScaleValue | Задает, включать ли масштабирующийся компонент в линейное преобразование. Выбором является |
TranslateValue | Задает, включать ли компонент перевода в линейное преобразование. Выбором является |
ReflectionValue | Задает, включать ли отражательный компонент в линейное преобразование. Выбор:
|
SeqAlignValue | Задает, выполнить ли локальное выравнивание последовательности и затем использовать только фрагменты структур, соответствующих сегментам, которые выравниваются, чтобы вычислить линейное преобразование. Выбором является |
SegmentValue | Задает контуры и цепь двух подпоследовательностей, чтобы рассмотреть для вычисления линейного преобразования.
Можно не использовать контуры, чтобы указать на целую цепь, такой как в |
ApplyValue | Задает степень, к которой должно быть применено линейное преобразование. Выбор:
|
DisplayValue | Задает, отобразить ли исходный |
Dist | Значение, представляющее меру по несходству, данную суммой квадратичных невязок между |
RMSD | Скаляр, представляющий среднеквадратичное расстояние между координатами |
Transf | Линейное преобразование, вычисленное, чтобы наложить цепь
Примечание Только альфа-координаты атома углерода используются для расчета линейное преобразование. Совет Можно использовать |
PDB2TX | PDB-отформатированная структура MATLAB, которая представляет координаты в преобразованном PDB2 структура белка. |
pdbsuperpose( вычисляет и применяет линейное преобразование, чтобы наложить координаты структуры белка, представленной в PDB1, PDB2)PDB2 к координатам структуры белка, представленной в PDB1. PDB1 и PDB2 структуры белка, представленные любым следующим:
Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для структуры белка, записывают в базе данных PDB.
Переменная, содержащая PDB-отформатированную структуру MATLAB, такой, как возвращено getpdb или pdbread.
Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла. Файл, на который ссылаются, является PDB-отформатированным файлом. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке MATLAB.
Альфа-координаты атома углерода одной цепей для каждой структуры, как рассматривается, вычисляют линейное преобразование (перевод, отражение, ортогональное вращение, и масштабирующийся). По умолчанию первая цепь в каждой структуре, как рассматривается, вычисляет преобразование, и преобразование применяется к целой молекуле. По умолчанию, исходный PDB1 структура и получившийся преобразованный PDB2 структура отображена как отдельные модели в окне Molecule Viewer с помощью molviewer функция.
Dist = pdbsuperpose(PDB1, PDB2)PDB1 и PDB2. Для получения дополнительной информации смотрите procrustes.
[ также возвращает Dist, RMSD]
= pdbsuperpose(PDB1, PDB2)RMSD, среднеквадратичное расстояние между координатами PDB1 структура и преобразованный PDB2 структура, рассматривая только атомы использовалась для расчета линейного преобразования.
[ также возвращает Dist, RMSD, Transf]
= pdbsuperpose(PDB1, PDB2)Transf, линейное преобразование, вычисленное, чтобы наложить цепь PDB2 к цепи PDB1. Transf структура MATLAB со следующими полями:
T — Ортогональное вращение и отражательный компонент.
b — Компонент шкалы.
c — Компонент перевода.
Примечание
Только альфа-координаты атома углерода используются для расчета линейное преобразование.
[ также возвращает Dist, RMSD, Transf, PBD2TX]
= pdbsuperpose(PDB1, PDB2)PBD2TX, PDB-отформатированная структура MATLAB, которая представляет координаты в преобразованном PDB2 структура белка.
... = pdbsuperpose (..., ' вызовы PropertyName', PropertyValue, ...)pdbsuperpose с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает модели, чтобы рассмотреть в суперпозиции когда ... = pdbsuperpose(...,
'ModelNum', ModelNumValue, ...)PDB1 или PDB2 содержит многоуровневые модели. ModelNumValue двухэлементный числовой массив, элементы которого соответствуют моделям в PDB1 и PDB2 соответственно. По умолчанию первая модель в каждой структуре рассматривается.
... = pdbsuperpose(...,
'Scale', ScaleValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
... = pdbsuperpose(...,
'Translate', TranslateValue, ...)true (значение по умолчанию) или false.
... = pdbsuperpose(...,
'Reflection', ReflectionValue, ...)true (включайте отражательный компонент), false (исключите отражательный компонент), или 'best' (может или может не включать отражательный компонент, в зависимости от лучшего подходящего решения). Значением по умолчанию является 'best'.
... = pdbsuperpose(...,
'SeqAlign', SeqAlignValue, ...)true (значение по умолчанию) или false.
Примечание
Если вы устанавливаете 'SeqAlign' свойство к true, можно также задать следующие свойства, используемые swalign функция:
'ScoringMatrix'
'GapOpen'
'ExtendGap'
Для получения дополнительной информации об этих свойствах смотрите swalign.
... = pdbsuperpose(...,
'Segment', SegmentValue, ...)SegmentValue массив ячеек из символьных векторов со следующим форматом: {'start1-stop1:chain1', 'start2-stop2:chain2'}. Можно не использовать контуры, чтобы указать на целую цепь, такой как в {'chain1', 'start2-stop2:chain2'}. Можно задать только одну пару сегментов в любой момент времени, и заданные сегменты приняты, чтобы содержать то же количество альфа-атомов углерода.
... = pdbsuperpose(...,
'Apply', ApplyValue, ...)'all' (примените линейное преобразование к целой структуре PDB2), 'chain' (примените линейное преобразование только к заданной цепи), или 'segment' (примените линейное преобразование только к заданному сегменту). Значением по умолчанию является 'all'.
... = pdbsuperpose(...,
'Display', DisplayValue, ...)PDB1 структура и получившийся преобразованный PDB2TX структура в окне Molecule Viewer с помощью molviewer функция. Каждая структура представлена как отдельная модель. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.
Используйте getpdb функция, чтобы получить данные о структуре белка от базы данных Protein Data Bank (PDB) для двух структур гемоглобина.
str1 = getpdb('1dke');
str2 = getpdb('4hhb');
Наложите первую модель двух структур гемоглобина, применив преобразование к целой молекуле.
d = pdbsuperpose(str1, str2, 'model', [1 1], 'apply', 'all');
Наложите две структуры гемоглобина (каждый содержащий четыре цепи), вычислив и применив цепь линейного преобразования цепью. Не отображайте структуры.
strtx = str2;
chainList1 = {str1.Sequence.ChainID};
chainList2 = {str2.Sequence.ChainID};
for i = 1:4
[d(i), rmsd(i), tr(i), strtx] = pdbsuperpose(str1, strtx, ...
'segment', {chainList1{i}; chainList2{i}}, ...
'apply', 'chain', 'display', false);
endНаложите цепь B на цепи thioredoxin структуры (PDBID = 2trx), и затем примените преобразование только к цепи B.
[d, rmsd, tr] = pdbsuperpose('2trx', '2trx', 'segment', {'A', 'B'}, ...
'apply', 'chain')
d =
0.0028
rmsd =
0.6604
tr =
T: [3x3 double]
b: 1
c: [109x3 double]
Наложите две структуры кальмодулина согласно линейному преобразованию, полученному с помощью два 20 сегментов длиной в остаток.
pdbsuperpose('1a29', '1cll', 'segment', {'10-30:A', '10-30:A'})
ans =
0.1945getpdb | molviewer | pdbread | pdbtransform | swalign | procrustes