pdbwrite

Запишите в файл с помощью формата Банка данных белка (PDB)

Синтаксис

pdbwrite(File, PDBStruct)
PDBArray = pdbwrite(File, PDBStruct)

Входные параметры

FileВектор символов или строка, задающая или имя файла или путь и имя файла для сохранения PDB-отформатированных-данных. Если вы задаете только имя файла, файл сохранен в MATLAB® Текущая папка.

Совет

После того, как вы сохраните структуру MATLAB в локальный PDB-отформатированный файл, можно использовать molviewer функционируйте, чтобы отобразить и управлять 3-D изображением структуры.

PDBStructСтруктура MATLAB, содержащая 3-D структуру белка, координирует данные, созданные первоначально при помощи getpdb или pdbread функции.

Примечание

Можно отредактировать эту структуру, чтобы изменить ее 3-D данные о структуре белка. Координатная информация хранится в Model поле PDBStruct.

Выходные аргументы

PDBArrayСимвольный массив, в котором каждая строка соответствует линии в записи PDB.

Описание

pdbwrite(File, PDBStruct) пишет содержимое структуры MATLAB PDBStruct к PDB-отформатированному файлу (текстовый ASCII-файл), путь которого и имя файла заданы File. В выходном файле, File, порядковые номера атома сохраняются. Атомарные координатные записи упорядочены согласно их порядковым номерам атома.

Совет

После того, как вы сохраните структуру MATLAB в локальный PDB-отформатированный файл, можно использовать molviewer функционируйте, чтобы отобразить и управлять 3-D изображением структуры.

PDBArray = pdbwrite(File, PDBStruct) сохраняет отформатированную запись PDB, преобразованную от содержимого структуры MATLAB PDBStruct, к PDBArray, символьный массив, в котором каждая строка соответствует линии в записи PDB.

Примечание

Можно отредактировать PDBStruct изменить его 3-D данные о структуре белка. Координатная информация хранится в Model поле PDBStruct.

Примеры

  1. Используйте getpdb функция, чтобы получить информацию о структуре из Банка данных белка (PDB) для зеленого флуоресцентного белка с идентификатором 1GFL , и храните данные в структуре MATLAB gflstruct.

    gflstruct = getpdb('1GFL');
  2. Найдите x- координата первого атома.

    gflstruct.Model.Atom(1).X
    
    ans =
    
      -14.0930
    
    
  3. Отредактируйте x- координата первого атома.

    gflstruct.Model.Atom(1).X = -18;

    Примечание

    Не добавляйте или удаляйте любой Atom поля, потому что pdbwrite функция не позволяет числу элементов в структуре изменяться.

  4. Запишите модифицированной структуре MATLAB gflstruct к новому PDB-отформатированному файлу modified_gfl.pdb в Work папка на вашем C диск.

    pdbwrite('c:\work\modified_gfl.pdb', gflstruct);
  5. Используйте pdbread функционируйте, чтобы считать модифицированный файл PDB в структуру MATLAB, затем подтвердить что x- координата первого атома изменилась.

    modified_gflstruct = pdbread('c:\work\modified_gfl.pdb')
    modified_gflstruct.Model.Atom(1).X
    
    ans =
    
       -18
    
    

Смотрите также

| |

Представленный в R2007a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте