rebasecuts

Найдите ферменты ограничения, которые сокращают последовательность нуклеотида

Синтаксис

[Enzymes, Sites] = rebasecuts(SeqNT)
rebasecuts(SeqNT, Group)
rebasecuts(SeqNT, [Q, R])
rebasecuts(SeqNT, S)

Входные параметры

SeqNTПоследовательность нуклеотида.
GroupМассив ячеек из символьных векторов или вектор строки представление имен допустимых ферментов ограничения.
QRОсновные положения, которые ограничивают поиск всеми сайтами между основным Q и основной R.
SОсновное положение, которое ограничивает поиск всеми сайтами после основного S.

Выходные аргументы

EnzymesМассив ячеек из символьных векторов, содержащий имена ферментов ограничения от REBASE®, база данных фермента ограничения.
SitesВектор из сайтов сокращения идентифицирован с основным номером положения перед каждым сокращением.

Описание

[Enzymes, Sites] = rebasecuts(SeqNT) находит все ферменты ограничения, которые сокращают SeqNT, последовательность нуклеотида.

rebasecuts(SeqNT, Group) ограничивает поиск Group, список ферментов.

rebasecuts(SeqNT, [Q, R]) ограничивает поиск теми ферментами, которые сокращают после основного положения, заданного Q и прежде чем основное положение задано R.

rebasecuts(SeqNT, S) ограничивает поиск теми ферментами, которые сокращают сразу после основного положения, заданного S.

REBASE, База данных Фермента Ограничения, является набором информации о ферментах ограничения и связанных белках. Для получения дополнительной информации о REBASE, см.:

Примеры

  1. Создайте последовательность нуклеотида.

    seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
  2. Найдите все возможные ферменты и сайты разламывания в последовательности.

     [enzymes, sites] = rebasecuts(seq)
  3. Найдите где ферменты ограничения CfoI и Tru9I сократите последовательность.

    [enzymes, sites] = rebasecuts(seq, {'CfoI','Tru9I'})
    
    enzymes = 
    
        'CfoI'
        'CfoI'
        'Tru9I'
    
    sites =
    
        13
        39
        45
  4. Найдите все возможные ферменты, которые сокращают после основы 7.

    enzymes  = rebasecuts(seq, 7)
    
    enzymes = 
    
        'Csp6I'
        'CviQI'
        'RsaNI'
  5. Найдите все возможные ферменты, которые сокращают между основами 11 и 37.

    enzymes  = rebasecuts(seq, [11 37])
    
    enzymes = 
    
        'AccII'
        'AspLEI'
        'BmiI'
        'Bsh1236I'
        'BspFNI'
        'BspLI'
        'BstFNI'
        'BstHHI'
        'BstUI'
        'CfoI'
        'FnuDII'
        'GlaI'
        'HhaI'
        'Hin6I'
        'HinP1I'
        'Hpy188I'
        'HspAI'
        'MvnI'
        'NlaIV'
        'PspN4I'
        'SetI'

Ссылки

[1] Робертс, R.J., Vincze, T., Posfai, J. и Macelis, D. (2007). REBASE — ферменты и гены для ограничения ДНК и модификации. Nucl. Кислоты Res. 35, D269–D270.

[2] Официальный веб-сайт REBASE: http://rebase.neb.com.

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте