rnaconvert

Преобразуйте вторичную структуру последовательности RNA между скобкой и матричными обозначениями

Синтаксис

RNAStruct2 = rnaconvert(RNAStruct)

Входные параметры

RNAStruct

Вторичная структура последовательности RNA, представленной также:

Обозначение скобки
Матрица смежности

Совет

Используйте rnafold функция, чтобы создать RNAStruct.

Выходные аргументы

RNAStruct2

Вторичная структура последовательности RNA, представленной также:

Bracket notation — Вектор символов или точки строки, содержащей и скобки, где каждая точка представляет непарную основу, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет пару оснований.
Connectivity matrix — Двоичный файл, верхняя треугольная матрица, где RNAmatrix(i, j) = 1 если и только если iостаток th в последовательности RNA Seq соединяется с jостаток th Seq.

Описание

RNAStruct2 = rnaconvert(RNAStruct) возвращает RNAStruct2, вторичная структура последовательности RNA, в матричном обозначении (если RNAStruct находится в обозначении скобки), или в обозначении скобки (если RNAStruct находится в матричном обозначении).

Примеры

Пример 69. Преобразование от скобки до матричного обозначения

Создайте вектор символов, представляющий вторичную структуру последовательности RNA в обозначении скобки.
```
Bracket = '(((..((((.......)))).((.....)).))).';
```
Преобразуйте вторичную структуру в представление матрицы смежности.
```
Matrix = rnaconvert(Bracket);
```

Пример 70. Преобразование от матрицы до обозначения скобки

Создайте матрицу смежности, представляющую вторичную структуру последовательности RNA.
```
    Matrix2 = zeros(12);
    Matrix2(1,12) = 1;
    Matrix2(2,11) = 1;
    Matrix2(3,10) = 1;
    Matrix2(4,9) = 1;
```
Преобразуйте вторичную структуру, чтобы заключить в скобки обозначение.
```
Bracket2 = rnaconvert(Matrix2)

Bracket2 =

((((....))))
```

Смотрите также

rnafold | rnaplot

Представленный в R2007b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.