Создайте блокированное изображение

Если вы хотите сегментировать объем, который не помещается в память, создает blockedImage объект представлять объем. Этот пример использует стек изображений мозга MRI как объем, сохраненный в MAT-файле vol_001.mat. В этих данных MRI вы видите опухоль, которую вы хотите сегментировать в височной доле.

load(fullfile(toolboxdir('images'),'imdata','BrainMRILabeled','images','vol_001.mat'));

Чтение файла загружает 240 240 по 155 объемам под названием vol в рабочую область.

whos vol

  Name        Size                    Bytes  Class     Attributes

  vol       240x240x155            17856000  uint16              

Создайте блокированное изображение из объема, задав размер блоков. (Если у вас есть объем, который не умещается в памяти, можно задать имя файла к blockedImage.)

bim = blockedImage(vol,'BlockSize',[120 120 120])

bim = 
  blockedImage with properties:

   Read only properties
             Source: [240x240x155 uint16]
            Adapter: [1x1 images.blocked.InMemory]
               Size: [240 240 155]
       SizeInBlocks: [2 2 2]
    ClassUnderlying: "uint16"

   Settable properties
          BlockSize: [120 120 120]

Учитывая заданный размер блока, блокированное изображение создает два блока в каждой размерности.

Открытый Volume Segmenter

Откройте приложение Volume Segmenter. Выберите вкладку Apps на панели инструментов MATLAB®. В разделе Image Processing и Computer Vision выберите Volume Segmenter.

Загрузите блокированное изображение в Volume Segmenter

Чтобы загрузить блокированное изображение в приложение Volume Segmenter, выберите Open Volume на панели инструментов приложения. В данном примере выберите Open Blocked Image from Workspace. В диалоговом окне Import Volume выберите блокированное изображение, которое вы создали в рабочей области, bim, и нажмите ОК. В качестве альтернативы можно задать блокированное изображение, когда вы открываете приложение при помощи volumeSegmenter команда: volumeSegmenter(bim).

Загрузки приложения объем и отображения его содержимое. При работе с блокированным изображением, отображения приложения содержимое одного блока за один раз. Вкладка Overview указывает, какой блок вы в настоящее время просматриваете в контексте целого объема.

Исследуйте блокированное изображение

Используя приложение Volume Segmenter, исследуйте объем, чтобы определить то, что вы хотите сегментировать. С блокированным изображением приложение включает несколько навигационных средств, что справка исследует каждый блок.

Текущий Блок - Представление 3-D представление содержимого блока во вкладке Current Block. Чтобы добавить оси ориентации и каркас к отображению, перейдите к 3-D вкладке Display в панели инструментов приложения. Чтобы просмотреть блок из различных углов, используйте мышь, чтобы вращать отображение.

Обзор - Показывает местоположение текущего блока относительно других блоков в блокированном изображении. Чтобы добавить оси ориентации и каркас к отображению, используйте опции на 3-D вкладке Display панели инструментов приложения. Чтобы просмотреть блок из различных углов, используйте мышь, чтобы вращать отображение. Когда вы исследуете блоки, обновления отображения, чтобы показать, какой блок вы в настоящее время выбрали, а также который вы посетили и который вы отметили, как сделано. Текущий блок отображают красным. Посещаемые блоки или обработанные блоки являются желтыми. Блоки, которые вы отмечаете, как сделано, являются зелеными.

Можно также настроить отображение объема в 3-D вкладке Display в панели инструментов приложения. Например, если у вас есть метаданные, которые описывают относительный размер вокселей, можно задать его в Пространственной части Ссылки 3-D вкладки Display. Чтобы улучшить ваше представление данных, можно изменить цвет фона, используемый в 3-D отображении, изменить порог и непрозрачность отображения, и включать оси ориентации с отображением.

Блокированная вкладка Image - Для блокированных изображений, приложение добавляет вкладку Blocked Image в панель инструментов приложения. Эта вкладка содержит средства для навигации, которые помогают вам переместиться среди блоков в блокированное изображение. Например, чтобы переместиться в следующий необработанный блок, нажмите Далее Блок. Можно также переместиться в конкретный блок путем определения координат блока вдоль X-, Y-и осей Z. Чтобы указать, что вы сделаны, обработав блок, нажмите Mark Block Complete. Когда вы отмечаете завершенный блок, приложение вычисляет процент степени готовности для целого объема.

Панель среза - Представление каждый срез объема в панели Среза. Используйте ползунок в нижней части вкладки, чтобы переместиться от среза до среза. По умолчанию панель Среза отображает объем, ориентированный вдоль оси X-Y, но можно изменить это использование кнопки в разделе Orientation панели инструментов на вкладке Segmenter. Панель Среза также, где вы используете инструменты для рисования, чтобы задать ROI. С блокированными изображениями представление среза показывает только текущий блок. Объект, который вы хотите сегментировать, может охватить несколько блоков. Отображения приложения количество текущего среза, из общего количества срезов, наверху панели. Например, 50/120..

Используйте инструменты для рисования, чтобы пометить области в блокированных изображениях

Если вы идентифицировали объект, что вы хотите сегментировать, использовать инструменты на вкладке Draw в панели инструментов приложения, чтобы пометить объект в каждом блоке, где это появляется. Можно использовать любой из инструментов для рисования с блокированными изображениями: инструмент Paint Brush, инструмент Fill Region, инструмент Eraser, и От руки, Помогший, От руки, и формы видимой области (ROI) Многоугольника.

Как с любым объемом, чтобы начать помечать мозг, сначала создают все метки, которые вы хотите использовать в сегментации. В панели Меток приложение обеспечивает одну метку по умолчанию, названный Label1. Чтобы изменить название метки, чтобы быть более описательными для вашего приложения, дважды кликните метку и тип на новое имя. Чтобы изменить цвет по умолчанию, сопоставленный с меткой, дважды кликните цветной квадрат, сопоставленный с меткой, и выберите цвет из поля Палитры цветов. Когда один объект вкладывается в другом объекте, когда опухоль появляется по мозгу на срезах, пометьте более крупную область сначала. Щелкните плюс кнопка, чтобы создать дополнительные метки.

В панели Среза перейдите к срезу, где объект появляется в блоке, и используйте инструмент для рисования, чтобы пометить объект. Этот рисунок показывает инструмент Paint Brush, но можно использовать любой из инструментов для рисования.

Используйте интерполяцию, чтобы ускорить объектное создание ROI

Вы могли переместиться через блок, срез срезом, и чертить ROI на каждом срезе, где объект появляется. Однако приложение Volume Segmenter обеспечивает несколько автоматизированных инструментов, которые могут помочь с сегментацией объекта через срезы. Эти автоматизированные опции процесс только срезы в блоке.

Чтобы использовать интерполяцию, чтобы ускорить маркировку, необходимо сначала вручную пометить область на двух срезах. Например, создайте метку на одном срезе и используйте тот же процесс, чтобы задать метку на другом срезе. Приложение помещает две панели в ползунок, с помощью цвета, сопоставленного с меткой, чтобы указать на срезы с заданными ROI.

С объектом, заданным на двух срезах, нажмите Auto Interpolate. Приложение автоматически задает ROI на всех прошедших слайдах. Приложение использует чисто синюю панель, чтобы указать, что все срезы имеют ROI.

В качестве альтернативы после определения ROI на двух срезах, нажмите Manually Interpolate. При использовании этой опции приложение открывает диалоговое окно Manually Interpolate. Вы выбираете эти две области, из которых вы хотите интерполировать, область Один и область Два. По умолчанию диалоговое окно открывается на срезе, на котором вы задали область. Чтобы выбрать первую область, нажмите Region One. Перейдите к другому срезу, на котором вы задали область, с помощью ползунка или путем нажатия на синий индикатор выше ползунка. Чтобы выбрать вторую область, нажмите Region Two. После выбора обеих областей нажмите Run, чтобы интерполировать ROI на всех прошедших срезах.

Используйте автоматизацию, чтобы совершенствовать метки и выполнить пользовательскую обработку

Можно использовать алгоритм, чтобы совершенствовать определения метки и выполнить другую обработку блокированных изображений автоматически. Приложение включает несколько основанных на срезе и основанных на объеме алгоритмов на вкладке Automate. Во-первых, выберите алгоритм. Например, выберите основанный на объеме Порог Оцу алгоритма в разделе Algorithm панели инструментов вкладки Automate. Если вы выбираете алгоритм, выберите Algorithm Parameters, чтобы задать значения для любых специфичных для алгоритма параметров, которые могут быть сопоставлены с алгоритмом. Поскольку пороговый алгоритм Оцу не поддерживает параметров, эта опция не включена. Для основанных на срезе алгоритмов можно задать, какие срезы вы хотите обработать: текущий срез, набор срезов от текущего среза назад к началу или от текущего среза в конец. После выбора алгоритма определение специфичных для алгоритма параметров, при наличии, и выбор слайдов, чтобы работать с, нажимает Run.

Процесс все блоки и рассматривает результаты

При работе с блокированными изображениями у вас есть несколько других опций для автоматизированной обработки. Для блокированных изображений, по умолчанию, алгоритмы автоматизации работают со срезами в текущем блоке. Однако, чтобы выполнить автоматизированную обработку на всех блоках в блокированном изображении одновременно, нажмите Automate On All Blocks. Если вы уже отметили некоторые завершенные блоки, убедитесь, что Завершенный Пропуск не включен. Чтобы включить параллельную обработку блоков, нажмите Use Parallel.

Чтобы рассмотреть результаты обработки и принять или отклонить каждый блок, нажмите Review Results. Отображения приложения Анализ и принимают диалоговое окно результатов автоматизации. Установите флажок для каждого блока, который вы принимаете и нажимаете кнопку Принять Выбранные, чтобы закончиться.

Добавьте пользовательские алгоритмы автоматизации

Можно также добавить собственный алгоритм, чтобы работать с ROI. На вкладке Automate нажмите Add Algorithm. Выберите, хотите ли вы, чтобы ваша обработка работала с каждым 2D (Основанным на срезе) срезом или с целым 3-D (Основанным на объеме) объемом.

В данном примере под Основанным на срезе, выберите Новую опцию и нажмите Function Template, чтобы создать новую функцию, которая работает с каждым 2D срезом. Приложение открывает шаблон в редакторе MATLAB. Замените пример кода в шаблоне с кодом, который вы хотите использовать. Ваша функция должна принять два аргумента: каждый срез как отдельное изображение и маска. Ваша функция должна также возвратить рисунок маски.

Когда вы закончите редактируя шаблон, сохраните файл. Приложение Volume Segmenter автоматически создает кнопку в панели инструментов вкладки Automate для вашей функции. Чтобы протестировать вашу функцию на одном срезе, нажмите Run. По умолчанию приложение применяет функцию только к текущему срезу.

Сохраните сегментацию

Когда вы завершаете маркировку мозга и опухоли в объеме, сохраняете сегментацию. Сохраните метки в новую пустую папку путем выбора Save Labels> Save As от вкладки Segmenter. Image Segmenter сохраняет каждый блок меток как отдельный файл изображения H5.

Если вы продолжаете изменять метки в приложении, то можно перезаписать старые файлы метки путем выбора Save Labels> Save. После того, как вы сохраняете сегментацию, можно опционально включить Автосохранение, которое периодически сохраняет сегментацию автоматически.

Просмотрите помеченный объем

Чтобы просмотреть маску, используйте bigimageshow функция.