affysnpintensitysplit

Разделите информацию об интенсивности зонда SNP Affymetrix для аллелей A и B

Синтаксис

ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct)
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct, 'Controls', ControlsValue)

Входные параметры

ProbeStructMATLAB® структура, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix® Сопоставляя массив ДНК, такой, как возвращено celintensityread.
ControlsValueУправляет включением зондов управления в ProbeStructSplit. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

ProbeStructSplitСтруктура MATLAB, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива ДНК, разделенного в информацию для аллелей A и B.

Описание

ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct) разделения ProbeStruct, структура, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива ДНК, в ProbeStructSplit, структура, содержащая тестовую информацию об интенсивности от Affymetrix Отображение массива ДНК, разделенного в информацию для аллелей A и B.

ProbeStructSplit содержит следующие поля.

Поле Описание
CDFName

Имя файла файла библиотеки Affymetrix CDF.

CELNames

Массив ячеек имен файлов Affymetrix CEL.

NumChips

Количество чтения файлов CEL во входную структуру.

NumProbeSets

Количество тестовых наборов в каждом файле CEL.

NumProbes

Максимальное количество зондов всего для одной аллели в каждом файле CEL.

Примечание

Если количество зондов для аллели A различное что касается аллели B, большее число используется.

ProbeSetIDs

Массив ячеек тестовых идентификаторов набора из файла библиотеки Affymetrix CDF.

ProbeIndices

Вектор-столбец, содержащий информацию об индексации зонда всего для одной аллели в каждом файле ячейки. Зондами в тестовом наборе является пронумерованный 0 через N - 1, где N количество зондов для одной аллели в тестовом наборе.

Примечание

ProbeIndices имеет то же число элементов как NumProbes.

PMAIntensities

Матрица, содержащая идеальную пару (PM), зондируют значения интенсивности для аллели A. Каждая строка соответствует аллели зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в ProbeIndices, и столбцам упорядочивают тот же путь как в CELFiles входной параметр к celintensityread функция.

PMBIntensities

Матрица, содержащая идеальную пару (PM), зондируют значения интенсивности для аллели B. Каждая строка соответствует аллели B зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в ProbeIndices, и столбцам упорядочивают тот же путь как в CELFiles входной параметр к celintensityread функция.

MMAIntensities (дополнительный)

Матрица, содержащая несоответствие (MM), зондирует значения интенсивности для аллели A. Каждая строка соответствует аллели зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в ProbeIndices, и столбцам упорядочивают тот же путь как в CELFiles входной параметр к celintensityread функция.

MMBIntensities (дополнительный)

Матрица, содержащая несоответствие (MM), зондирует значения интенсивности для аллели B. Каждая строка соответствует аллели B зонд, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строкам упорядочивают тот же путь как в ProbeIndices, и столбцам упорядочивают тот же путь как в CELFiles входной параметр к celintensityread функция.

ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct, 'Controls', ControlsValue) управляет возвратом интенсивности зонда управления. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примечание

Управляйте зондами, иногда содержат информацию только для одной аллели. В этом случае значение для соответствующей аллели (A или B), который не присутствует, установлено к NaN.

Примеры

Следующий пример принимает, что ваша текущая папка указывает на местоположение, содержащее Mapping50K_Hind240.CDF файл библиотеки и 18 файлов CEL сопоставлены с этим файлом библиотеки CDF. Эти файлы сопоставлены с Affymetrix Отображение массива ДНК.

  1. Используйте celintensityread функционируйте, чтобы считать Mapping50K_Hind240.CDF файл библиотеки и 18 файлов CEL сопоставлены с ним в структуру MATLAB.

    ps = celintensityread('*','Mapping50K_Hind240.CDF')
    
    ps = 
    
              CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF'
             CELNames: {18x1 cell}
             NumChips: 18
         NumProbeSets: 57299
            NumProbes: 1145780
          ProbeSetIDs: {57299x1 cell}
         ProbeIndices: [1145780x1 uint8]
         GroupNumbers: [1145780x1 uint8]
        PMIntensities: [1145780x18 single]
  2. Извлеките интенсивность зонда премьер-министра для аллели A и аллели B в другую структуру MATLAB без включения информации об интенсивности для зондов управления.

    ps_split = affysnpintensitysplit(ps)
    
    ps_split = 
    
               CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF'
              CELNames: {18x1 cell}
              NumChips: 18
          NumProbeSets: 57275
             NumProbes: 572750
           ProbeSetIDs: {57275x1 cell}
          ProbeIndices: [572750x1 uint8]
        PMAIntensities: [572750x18 single]
        PMBIntensities: [572750x18 single]

Смотрите также

| |

Представленный в R2008b